<p>Zunächst mal einige Punkte:</p>
<ul>
<li>soweit ich weiß, wird das Paket <code>inputenc</code> bei einer modernen LaTeX-Distribution nicht mehr benötigt</li>
<li>lade lieber <code>xcolor</code> statt <code>color</code></li>
<li>stelle sicher, dass <strong>alle</strong> deine Kommentare in der Präambel auch <strong>wirklich</strong> mit einem <code>%</code> beginnen</li>
<li>wenn du externe Dateien einfügst, dann stelle sicher, dass diese externen Dateien auch wirklich verfügbar sind (hier bietet sich die <code>filecontents</code> Umgebung an)</li>
<li>ein Abkürzungsverzeichnis kannst du theoretisch auch schon mit <code>glossaries</code> erstellen</li>
<li>passe auf, dass öffnende und schließende geschweifte Klammern immer ausgewogen sind</li>
<li>verwende <code>\renewcaptionname</code> wenn du mit einer KOMA-Script Klasse arbeitest</li>
<li>wenn Abblidungs- und Tabellenverzeichnis im Inhaltsverzeichnis erscheinen sollen, dann verwende die Klassenoption <code>listof=totoc</code> beim Laden der Dokumentklasse (bei KOMA-Skript Klassen)</li>
<li>stelle sicher, dass alle Befehle auch wirklich mit einem <code>\</code> beginnen</li>
<li>Das Paket <code>hyperref</code> wird (bis auf manche Ausnahmen, wie hier <code>glossaries</code>) am besten zuletzt geladen</li>
</ul>
<p>Es ist ja eigentlich nicht der Sinn von LaTeX, dass man die Kopfzeilen für die ganzen Abschnitte selbst erzeugt, so wie es in deinem Beispiel der Fall ist. Ich vermute mal, du möchtest nicht, dass die Überschriften der ganzen Kapitel vor dem Inhaltsverzeichis durchnummeriert werden? Aber trotzdem im Inhaltsverzeichnis erscheinen? Da du ja eine KOMA-Script Klasse verwendest, kannst du <code>\addchap{Überschrift}</code> verwenden hierfür verwenden.</p>
<p>Vielleicht ist das, wonach du suchst:</p>
<pre><code>\documentclass[
english,
fontsize=12pt,
listof=totoc,
headsepline,
plainheadsepline,
automark,
]{scrreprt}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{babel}
\usepackage[
top=2.5cm,
left=2.5cm,
right=2cm,
bottom=3cm,
]{geometry}
\usepackage{mwe}
\usepackage{scrlayer-scrpage}
\usepackage[
pdftitle={Abschlussarbeit},
]{hyperref}
\usepackage[
acronyms,
toc,
]{glossaries}
\clearpairofpagestyles
\ihead[\headmark]{\headmark}
\cfoot[\pagemark]{\pagemark}
\pagestyle{scrheadings}
\renewcaptionname{english}{\contentsname}{Table of Contents}
\makenoidxglossaries
\newacronym{eugh}{EuGH}{Europäischer Gerichtshof}
\newglossaryentry{fondue}{%
name={Fondue},
description={is a Swiss dish consisting of melted cheese},
}
\begin{document}
\pagenumbering{roman}
\title{Titel}
\maketitle
\addchap{Declaration of academic Honesty}
\Blindtext[3]
\addchap{Confidentialiy Notice}
\Blindtext[3]
\addchap{Gender Disclaimer}
\Blindtext[3]
\addchap{Abstract}
\Blindtext[3]
\tableofcontents
\listoffigures
\listoftables
\clearpage
\pagenumbering{arabic}
\chapter{Main Part}
\Blindtext
\gls{eugh}, \gls{fondue}
\printglossary[type=\acronymtype, \printnoidxglossary[type=\acronymtype, title=List of Abbreviations]
\printglossary
\printnoidxglossary
\end{document}
</code></pre>
