You have used obsolete option "bibtotoc"

Die Warnung, die vollständig übrigens lautet:

Class scrreprt Warning: You've used obsolete option `bibtotoc'. (scrreprt) Usage of this option indicates an old document (scrreprt) and changes compatibility level using (scrreprt) `bibliography=totoc,version=first'. (scrreprt) If you don't want this, you should simply (scrreprt) replace option `bibtotoc' by `bibliography=totoc'.

auf Deutsch also in etwa:

Warnung der Klasse scrreprt: Sie haben die veraltete Option `bibtotoc` verwendet. (scrreprt) Die Verwendung dieser Option zeigt ein altes Dokument an (scrreprt) und ändert daher die Kompatibilitätsstufe durch (scrreprt) `bibliography=totoc,version=first'. (scrreprt) Falls Sie das nicht wünschen, sollten Sie einfach (scrreprt) Option `bibtotoc' durch `bibliography=totoc' ersetzen.

besagt, dass die Option veraltet bzw. überholt ist. Wenn Du Dir den kompletten Text der Warnung anschaust, erfährst Du daraus auch, dass Du stattdessen Option bibliography=totoc verwenden solltest.

Bei KOMA-Script wurden die KOMA-Script-spezifischen Optionen bereits vor Jahren (AFAIK 2006) geändert, als KOMA-Script auf key=value-Optionen umgestellt wurden. Dafür können diese neuen Optionen wahlweise auch noch nach dem Laden der Klasse per \KOMAoption oder \KOMAoptions gesetzt werden. Näheres zu diesen Befehlen und den neuen Optionen ist der KOMA-Script-Anleitung und dem KOMA-Script-Buch zu entnehmen.

Aus der Verwendung der veralteten Option schließt KOMA-Script entsprechend der Warnung auch, dass ein altes Dokument gesetzt werden soll und schaltet mit version=first sicherheitshalber so weit möglich auf Umbruchkompatibilität zu KOMA-Script 2.9u um. Allerdings hat das einige typografische Nachteile, weil dabei eben diverse satztechnische Verbesserungen deaktiviert werden. Daher ist es meist besser, statt der veralteten Optionen die in der Warnung angegebenen aktuellen Optionen zu verwenden.

Wenn eine Vorlage diese seit 9 Jahren veralteten Optionen noch immer verwendet, ist das übrigens ein deutliches Anzeichen dafür, dass man sie besser nicht verwenden sollte. Die Wahrscheinlichkeit ist dann hoch, dass diese Vorlage noch mehr veraltete Dinge enthält, die man ohne Warnung ggf. auch leicht übersieht. Siehe dazu auch: Minimale Vorlage vs. maximale Probleme.