width und height bezeichnen die Zielgröße der Grafik inklusive aller Labels. Man kann jedoch mit Hilfe von scale only axis einstellen, ob diese Beschränkung für die ganze Grafik oder nur die Achsen gelten soll. Die Anleitung sagt dazu
If scale only axis is enabled, width and height apply only to the axis rectangle. Consequently, the resulting figure is larger than width and height (because of any axis descriptions). However, the axis box has exactly the prescribed target dimensions. If scale only axis=false (the default), pgfplots will try to produce the desired width including labels, titles and ticks.
