Gibt es eigentlich die Möglichkeit chemfig-code automatisch beispielsweise aus Datenbankken von Molekülstrukuren zu erstellen ? Ich glaube so davon mal auf stackexchange o. ä. gelesen zu haben.

gefragt 31 Okt '13, 15:28

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butts
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Vielleicht meinst Du mol2chemfig von Michael Palmer?

(31 Okt '13, 15:34) Clemens

ja genau das meinte ich ! wie es aussieht brauche ich dazu aber python und dieses indigo toolkit. dann nützt es mir nichts.

ich habe python nicht und weiß nicht wie das zu installieren wäre... das in die richtigen verzeichnisse auf meinem rechner zu bekommen -ich denke das schaffe ich allein nicht. schade.

DANKE trotzdem !

(31 Okt '13, 16:18) butts
2

Die Doku sagt. »There are three ways to run mol2chemfig: 1. You can use the web interface. 2. You can install a web client version of mol2chemfig that is operated from the command line. 3. You can install the entire program locally. With options 1 and 2, everything you need can hopefully be installed via TeX Live by the time you read this. In contrast, with option 3, some additional handiwork is required.« Scheint mir so, als gäbe es Möglichkeiten, das Programm zu nutzen, ohne was zu installieren... (Ich hab's selbst nie verwendet...)

(31 Okt '13, 16:38) Clemens

also ich habe es jetzt mal ausprobiert es geht tatsächlich ohne lokale installation!

im unteren fenster habe ich mal den von mol2chemfig generierten code für das molekül bradykinin gepostet. das von hand zu malen wäre eine schreckliche arbeit ...

(01 Nov '13, 17:24) butts

Das folgende molfile habe ich auf http://chimpsky.uwaterloo.ca/mol2chemfig/webiface als Input verwendet:

  Marvin  05271010542D

 76 80  0  0  1  0            999 V2000

    1.3623   -3.0962    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.5058   -6.8088    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.6478   -2.6837    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.0016   -6.5752    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3624   -3.9212    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7914   -6.3963    0.0000 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -2.6836    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -6.8088    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -4.3337    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7914   -5.5713    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0768   -5.1587    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.5058   -7.6338    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.9740   -7.5568    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.9740   -6.7318    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.2595   -7.9693    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.1733   -8.7898    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.3663   -8.9613    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.9538   -8.2469    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.6885   -7.9693    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.4422   -6.8088    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    6.4422   -7.6338    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.7277   -6.3963    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.6414   -5.5758    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.8345   -5.4043    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.4220   -6.1187    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    7.1566   -6.3963    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.5856   -6.3963    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    8.5856   -5.5713    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    7.8712   -6.8088    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    9.3001   -6.8088    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   10.0146   -5.5713    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    9.3001   -5.1588    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   10.7290   -5.1588    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    9.3001   -4.3338    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   10.0146   -6.3963    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.1579   -5.1588    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   11.4435   -5.5713    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.8724   -5.5713    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   11.4435   -6.3963    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.1579   -4.3338    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    8.5856   -3.9212    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    8.5856   -3.0962    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    7.8710   -2.6837    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    7.8710   -4.3338    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    7.1566   -3.0962    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    7.1566   -3.9212    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   13.6261   -4.4107    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   13.6261   -5.2357    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.9117   -3.9982    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.8254   -3.1778    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.0184   -3.0062    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   11.6059   -3.7207    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   14.3406   -3.9982    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.7696   -3.9982    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.0551   -4.4107    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   16.4841   -4.4107    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.0551   -5.2357    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.7695   -3.1732    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.7695   -5.6482    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   17.1985   -6.4732    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   17.1985   -5.6482    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   16.4840   -6.8857    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   16.4840   -5.2357    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.7695   -6.4732    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.7695   -0.6981    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   17.9130   -4.4107    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.0550   -0.2856    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   18.6275   -3.9982    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   15.7695   -1.5232    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   17.1985   -3.9982    0.0000 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   16.4840   -0.2856    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   16.4840   -1.9357    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   17.1985   -3.1732    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   16.4840   -2.7607    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   17.9130   -5.2357    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   12.1579   -6.8088    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

  1  3  2  0  0  0  0

  1  5  1  0  0  0  0

  1  7  1  0  0  0  0

  2  6  1  0  0  0  0

  2  4  2  0  0  0  0

  5  9  1  0  0  0  0

  6 10  1  0  0  0  0

  6  8  1  1  0  0  0

  9 11  1  0  0  0  0

 10 11  1  0  0  0  0

 12  2  1  0  0  0  0

 13 14  1  0  0  0  0

 15 13  1  0  0  0  0

 15 16  1  0  0  0  0

 15 12  1  6  0  0  0

 16 17  1  0  0  0  0

 17 18  1  0  0  0  0

 18 12  1  0  0  0  0

 19 13  2  0  0  0  0

 20 21  2  0  0  0  0

 22 20  1  0  0  0  0

 22 23  1  0  0  0  0

 22 14  1  1  0  0  0

 23 24  1  0  0  0  0

 24 25  1  0  0  0  0

 25 14  1  0  0  0  0

 26 20  1  0  0  0  0

 27 28  1  0  0  0  0

 27 29  1  0  0  0  0

 26 29  1  0  0  0  0

 27 30  2  0  0  0  0

 31 32  1  0  0  0  0

 31 33  1  0  0  0  0

 32 34  1  0  0  0  0

 32 28  1  1  0  0  0

 35 31  2  0  0  0  0

 36 37  1  0  0  0  0

 36 38  2  0  0  0  0

 37 33  1  6  0  0  0

 37 39  1  0  0  0  0

 40 36  1  0  0  0  0

 34 41  1  0  0  0  0

 41 42  1  0  0  0  0

 43 42  2  0  0  0  0

 44 41  2  0  0  0  0

 45 43  1  0  0  0  0

 46 44  1  0  0  0  0

 46 45  2  0  0  0  0

 47 48  2  0  0  0  0

 49 47  1  0  0  0  0

 49 50  1  0  0  0  0

 49 40  1  1  0  0  0

 50 51  1  0  0  0  0

 51 52  1  0  0  0  0

 52 40  1  0  0  0  0

 53 47  1  0  0  0  0

 54 55  1  0  0  0  0

 54 56  1  0  0  0  0

 55 57  1  0  0  0  0

 55 53  1  6  0  0  0

 58 54  2  0  0  0  0

 57 59  1  0  0  0  0

 61 60  1  0  0  0  0

 62 60  2  0  0  0  0

 63 61  2  0  0  0  0

 64 62  1  0  0  0  0

 59 63  1  0  0  0  0

 59 64  2  0  0  0  0

 65 67  2  0  0  0  0

 65 69  1  0  0  0  0

 65 71  1  0  0  0  0

 66 70  1  0  0  0  0

 66 68  1  0  0  0  0

 69 72  1  0  0  0  0

 70 73  1  0  0  0  0

 70 56  1  1  0  0  0

 72 74  1  0  0  0  0

 73 74  1  0  0  0  0

 75 66  2  0  0  0  0

 39 76  1  0  0  0  0

M  END

Damit habe ich folgenden LaTeX-Code erhalten:

\documentclass{article}

\usepackage{mol2chemfig}        % this package loads chemfig and defines

\pagestyle{empty}               % a few auxiliary macros

\begin{document}
\chemname{\chemfig{

               HN% 3
     =[:330,,2]% 1
                  (
         -[:30,,,1]NH_2% 7
                  )
    -[:270,,,2]HN% 5
     -[:330,,2]% 9
        -[:270]% 11
        -[:330]% 10
        -[:270]% 6
                  (
        <[:210,,,2]H_2N% 8
                  )
        -[:330]% 2
                  (
     =[:25.2,0.664]O% 4
                  )
        -[:270]N% 12
       >:[:336]% 15
                  (
            -[:264]% 16
            -[:192]% 17
            -[:120]% 18
             -[:48]\phantom{N}% -> 12
                  )
         -[:30]% 13
                  (
            =[:330]O% 19
                  )
         -[:90]N% 14
         >[:24]% 22
                  (
             -[:96]% 23
            -[:168]% 24
            -[:240]% 25
            -[:312]\phantom{N}% -> 14
                  )
        -[:330]% 20
                  (
            =[:270]O% 21
                  )
         -[:30]\mcfabove{N}{H}% 26
        -[:330]% 29
         -[:30]% 27
                  (
            =[:330]O% 30
                  )
     -[:90,,,2]HN% 28
      >[:30,,2]% 32
                  (
             -[:90]% 34
            -[:150]% 41
             -[:90]% 42
           =^[:150]% 43
            -[:210]% 45
           =^[:270]% 46
            -[:330]% 44
            =^[:30]% -> 41
                  )
        -[:330]% 31
                  (
            =[:270]O% 35
                  )
         -[:30]\mcfabove{N}{H}% 33
       >:[:330]% 37
                  (
            -[:270]% 39
        -[:330,,,1]OH% 76
                  )
         -[:30]% 36
                  (
            =[:330]O% 38
                  )
         -[:90]N% 40
         >[:24]% 49
                  (
             -[:96]% 50
            -[:168]% 51
            -[:240]% 52
            -[:312]\phantom{N}% -> 40
                  )
        -[:330]% 47
                  (
            =[:270]O% 48
                  )
         -[:30]\mcfabove{N}{H}% 53
       >:[:330]% 55
                  (
            -[:270]% 57
            -[:330]% 59
             -[:30]% 63
           =_[:330]% 61
            -[:270]% 60
           =_[:210]% 62
            -[:150]% 64
            =_[:90]% -> 59
                  )
         -[:30]% 54
                  (
             =[:90]O% 58
                  )
        -[:330]\mcfbelow{N}{H}% 56
         >[:30]% 70
                  (
            -[:330]% 66
                      (
                =[:270]O% 75
                      )
         -[:30,,,1]OH% 68
                  )
         -[:90]% 73
        -[:150]% 74
         -[:90]% 72
    -[:150,,,2]HN% 69
      -[:90,,2]% 65
                  (
         -[:30,,,1]NH_2% 71
                  )
    =[:150,,,2]HN% 67
}}{Bradykinin}
\end{document}
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beantwortet 01 Nov '13, 17:26

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butts
64921435

bearbeitet 01 Nov '13, 18:12

Clemens's gravatar image

Clemens
19.0k113060

Vielleicht könntest Du noch dazu posten, welchen Input Du verwendet hast, und was Du gemacht hast, um diesen Output zu erhalten?

(01 Nov '13, 17:47) Clemens

ja natürlich. ich habe mir den molfile in das Fenster auf der seite

http://chimpsky.uwaterloo.ca/mol2chemfig/webiface

kopiert und dort ben button 'submit' betätitgt.

die dann erhaltene ausgabe habe ich dann wieder lokal in meine latex-oberfläche kopiert und dort compiliert.

(01 Nov '13, 18:05) butts
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Frage gestellt: 31 Okt '13, 15:28

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