Das geht bei Verwendung einer KOMA-Script-Klasse wie `scrbook` ganz ohne `footmisc` und ohne dass man weiß, wie breit die breiteste Nummer ist:
\documentclass[12pt, oneside,numbers=endperiod]{scrbook}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[ngerman]{varioref} % Referenzen
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{mwe}
\newenvironment{zitat}[1]{\begin{quote}\footnotesize{#1}}{\end{quote}}
%Fußnoten
\deffootnote{0pt}{1em}{%
\makebox[0pt][r]{\textsuperscript{\thefootnotemark\ }}}
% IMHO besser:
% \deffootnote{0pt}{1em}{%
% \makebox[0pt][r]{\thefootnotemark\enskip}}
%Fußnoten: durchgehende Nummerierung
%\usepackage{remreset}% Wird bei KOMA-Script nicht benötigt.
\makeatletter
\@removefromreset{footnote}{chapter}
\makeatother
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\blindtext\footnote{Fussnote des ersten Blindtextes}
\setcounter{footnote}{58}
\begin{zitat}{\blindtext}\footnote{Fussnote des 59. Blindtextes}\end{zitat}
\setcounter{footnote}{300}
\blindtext\footnote{Fussnote des 301. Blindtextes}
\end{document}
![Fußnoten im Rand][1]
Man kann das übrigens auch machen, ohne die Fußnoten in den Rand zu schieben, muss dann aber die max. Breite wissen:
\documentclass[12pt, oneside,numbers=endperiod]{scrbook}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[ngerman]{varioref} % Referenzen
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{mwe}
\newenvironment{zitat}[1]{\begin{quote}\footnotesize{#1}}{\end{quote}}
%Fußnoten
\deffootnote{1.5em}{1em}{%
\makebox[1.5em][r]{\textsuperscript{\thefootnotemark\ }}}
%Fußnoten: durchgehende Nummerierung
%\usepackage{remreset}% Wird bei KOMA-Script nicht benötigt.
\makeatletter
\@removefromreset{footnote}{chapter}
\makeatother
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\blindtext\footnote{Fussnote des ersten Blindtextes}
\setcounter{footnote}{58}
\begin{zitat}{\blindtext}\footnote{Fussnote des 59. Blindtextes}\end{zitat}
\setcounter{footnote}{300}
\blindtext\footnote{Fussnote des 301. Blindtextes}
\end{document}
![Fußnotennummern rechtsbündig][2]
Näheres zu `\deffootnote` findet sich [in der KOMA-Script-Anleitung](http://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/koma-script/doc/scrguide.pdf#maincls.cmd.deffootnote).
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test26_2.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test27_2.png
