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Das Problem bei der Sache ist Dein kreativer Umgang mit Zählern. `hyperref` verwendet für die Anker, also die Sprungziele, ebenfalls die Zähler. Für Gleichungen ist das der statische Präfix `equation.` gefolgt von `\theHequation`. `\theHequation` ist wiederum als `\theHsection.\arabic{equation}` vordefiniert. Während `\counterwithout` natürlich die Zählerausgabe selbst, also `\theequation` umdefiniert, ändert es `\theHequation` nicht. Das ist normalerweise auch gut so. In Deinem Fall ist es das aber nicht, weil so jede Gleichung in demselben Abschnitt, bei der der Zähler `equation` den Wert 3 hat, denselben Ankername hat. pdfTeX warnt wegen dieser übereinstimmenden Anker auch:
> <pre>pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{equation.0.1.
3})</pre>
Was ist nun die Lösung? In einem ersten Ansatz könnte man natürlich nach `\counterwithout{equation}{section}` einfach `\theHequation` als `\arabic{equation}` umdefinieren. Wenn Du dann aber mehrere Beispiele hast und bei diesen immer wieder `equation` auf 0 setzt:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{last_Beispiel_eqn}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\setcounter{equation}{\value{last_Beispiel_eqn}}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{last_Beispiel_eqn}{\value{equation}}%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=1,
breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
linkcolor=red, citecolor=black, urlcolor=blue, filecolor=blue, pdfpagelayout=OneColumn, pdfnewwindow=true, pdfstartview=XYZ, plainpages=false, pdfpagelabels}
%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\end{document}
Ich habe im Beispiel außerdem eine saubere Trennung von Form und Inhalt durchgeführt, indem ich für Beispiele eine eigene Umgebung definiert habe. Das hat auch den Vorteil, dass die Umdefinierung von `\theHequation` lokal zu dieser Umgebung bleibt.
Obige Lösung funktioniert allerdings nur, solange die Gleichungen innerhalb der Beispiele über alle Beispiele des Dokuments durchnummeriert werden, also nicht bei jedem Beispiel wieder mit 1 beginnen. Sollte das der Fall sein, muss man den Anker auf andere Weise eindeutig machen. Das geht beispielsweise durch Verwendung eines eigenen Zähler für die Beispiele:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{Beispiel}
\newcommand*{\theHBeispiel}{B\arabic{Beispiel}}
\counterwithin*{equation}{Beispiel}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\refstepcounter{Beispiel}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\theHBeispiel.\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=1,
breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
linkcolor=red, citecolor=black, urlcolor=blue, filecolor=blue, pdfpagelayout=OneColumn, pdfnewwindow=true, pdfstartview=XYZ, plainpages=false, pdfpagelabels}
%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\end{document}
Bei dieser Version gebe ich allerdings zu bedenken, dass der Leser dann dasselbe Problem bekommt, das auch `hyperref` hat. Es gibt dann ggf. mehrere mit 1 nummerierte Gleichungen:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{Beispiel}
\newcommand*{\theHBeispiel}{B\arabic{Beispiel}}
\counterwithin*{equation}{Beispiel}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\refstepcounter{Beispiel}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\theHBeispiel.\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=1,
breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
linkcolor=red, citecolor=black, urlcolor=blue, filecolor=blue, pdfpagelayout=OneColumn, pdfnewwindow=true, pdfstartview=XYZ, plainpages=false, pdfpagelabels}
%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Text_1}
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\clearpage
\begin{Beispiel}
Und noch ein Beispiel.
\begin{align}
X=Y\label{eq:Beispiel2_1}
\end{align}
\end{Beispiel}
Springe zu \eqref{eq:Text_1} oder \eqref{eq:Beispiel_1} im ersten Beispiel oder
\eqref{eq:Beispiel2_1} im zweiten Beispiel.
\end{document}
Zwar stimmen die Links, der Leser hat aber Orientierungsprobleme. Bei meinem ersten Lösungsvorschlag mit unabhängig nummerierten Gleichungen über alle Beispiele hinweg, tritt dieses Problem nicht auf.
BTW: Ich halte nichts davon, die Abschnitte unabhängig von den Kapiteln zu nummerieren. Das riecht eigentlich sehr danach, dass Kapitel in Wirklichkeit Teile sind.
BTW2: `hyperref` sollte immer so spät wie möglich geladen werden, weshalb ich es auch in meinen Beispielen entsprechend verschoben habe.
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Das Problem bei der Sache ist Dein kreativer Umgang mit Zählern. `hyperref` verwendet für die Anker, also die Sprungziele, ebenfalls die Zähler. Für Gleichungen ist das der statische Präfix `equation.` gefolgt von `\theHequation`. `\theHequation` ist wiederum als `\theHsection.\arabic{equation}` vordefiniert. Während `\counterwithout` natürlich die Zählerausgabe selbst, also `\theequation` umdefiniert, ändert es `\theHequation` nicht. Das ist normalerweise auch gut so. In Deinem Fall ist es das aber nicht, weil so jede Gleichung in demselben Abschnitt, bei der der Zähler `equation` den Wert 3 hat, denselben Ankername hat. pdfTeX warnt wegen dieser übereinstimmenden Anker auch:
> <pre>pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{equation.0.1.
3})</pre>
Was ist nun die Lösung? In einem ersten Ansatz könnte man natürlich nach `\counterwithout{equation}{section}` einfach `\theHequation` als `\arabic{equation}` umdefinieren. Wenn Du dann aber mehrere Beispiele hast und bei diesen immer wieder `equation` auf 0 setzt:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{last_Beispiel_eqn}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\setcounter{equation}{\value{last_Beispiel_eqn}}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{last_Beispiel_eqn}{\value{equation}}%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=1,
breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
linkcolor=red, citecolor=black, urlcolor=blue, filecolor=blue, pdfpagelayout=OneColumn, pdfnewwindow=true, pdfstartview=XYZ, plainpages=false, pdfpagelabels}
%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\end{document}
Ich habe im Beispiel außerdem eine saubere Trennung von Form und Inhalt durchgeführt, indem ich für Beispiele eine eigene Umgebung definiert habe. Das hat auch den Vorteil, dass die Umdefinierung von `\theHequation` lokal zu dieser Umgebung bleibt.
Obige Lösung funktioniert allerdings nur, solange die Gleichungen innerhalb der Beispiele über alle Beispiele des Dokuments durchnummeriert werden, also nicht bei jedem Beispiel wieder mit 1 beginnen. Sollte das der Fall sein, muss man den Anker auf andere Weise eindeutig machen. Das geht beispielsweise durch Verwendung eines eigenen Zähler für die Beispiele:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{Beispiel}
\newcommand*{\theHBeispiel}{B\arabic{Beispiel}}
\counterwithin*{equation}{Beispiel}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\refstepcounter{Beispiel}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\theHBeispiel.\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
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breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
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%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\end{document}
Bei dieser Version gebe ich allerdings zu bedenken, dass der Leser dann dasselbe Problem bekommt, das auch `hyperref` hat. Es gibt dann ggf. mehrere mit 1 nummerierte Gleichungen:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{Beispiel}
\newcommand*{\theHBeispiel}{B\arabic{Beispiel}}
\counterwithin*{equation}{Beispiel}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\refstepcounter{Beispiel}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\theHBeispiel.\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=1,
breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
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%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Text_1}
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\clearpage
\begin{Beispiel}
Und noch ein Beispiel.
\begin{align}
X=Y\label{eq:Beispiel2_1}
\end{align}
\end{Beispiel}
Springe zu \eqref{eq:Text_1} oder \eqref{eq:Beispiel_1} im ersten Beispiel oder
\eqref{eq:Beispiel2_1} im zweiten Beispiel.
\end{document}
Zwar stimmen die Links, der Leser hat aber Orientierungsprobleme.
Orientierungsprobleme. Bei meinem ersten Lösungsvorschlag mit unabhängig nummerierten Gleichungen über alle Beispiele hinweg, tritt dieses Problem nicht auf.
BTW: Ich halte nichts davon, die Abschnitte unabhängig von den Kapiteln zu nummerieren. Das riecht eigentlich sehr danach, dass Kapitel in Wirklichkeit Teile sind.
BTW2: `hyperref` sollte immer so spät wie möglich geladen werden, weshalb ich es auch in meinen Beispielen entsprechend verschoben habe.
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Das Problem bei der Sache ist Dein kreativer Umgang mit Zählern. `hyperref` verwendet für die Anker, also die Sprungziele, ebenfalls die Zähler. Für Gleichungen ist das der statische Präfix `equation.` gefolgt von `\theHequation`. `\theHequation` ist wiederum als `\theHsection.\arabic{equation}` vordefiniert. Während `\counterwithout` natürlich die Zählerausgabe selbst, also `\theequation` umdefiniert, ändert es `\theHequation` nicht. Das ist normalerweise auch gut so. In Deinem Fall ist es das aber nicht, weil so jede Gleichung in demselben Abschnitt, bei der der Zähler `equation` den Wert 3 hat, denselben Ankername hat. pdfTeX warnt wegen dieser übereinstimmenden Anker auch:
> <pre>pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{equation.0.1.
3})</pre>
Was ist nun die Lösung? In einem ersten Ansatz könnte man natürlich nach `\counterwithout{equation}{section}` einfach `\theHequation` als `\arabic{equation}` umdefinieren. Wenn Du dann aber mehrere Beispiele hast und bei diesen immer wieder `equation` auf 0 setzt:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{last_Beispiel_eqn}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\setcounter{equation}{\value{last_Beispiel_eqn}}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{last_Beispiel_eqn}{\value{equation}}%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
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{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
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%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\end{document}
Ich habe im Beispiel außerdem eine saubere Trennung von Form und Inhalt durchgeführt, indem ich für Beispiele eine eigene Umgebung definiert habe. Das hat auch den Vorteil, dass die Umdefinierung von `\theHequation` lokal zu dieser Umgebung bleibt.
Obige Lösung funktioniert allerdings nur, solange die Gleichungen innerhalb der Beispiele über alle Beispiele des Dokuments durchnummeriert werden, also nicht bei jedem Beispiel wieder mit 1 beginnen. Sollte das der Fall sein, muss man den Anker auf andere Weise eindeutig machen. Das geht beispielsweise durch Verwendung eines eigenen Zähler für die Beispiele:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{Beispiel}
\newcommand*{\theHBeispiel}{B\arabic{Beispiel}}
\counterwithin*{equation}{Beispiel}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\refstepcounter{Beispiel}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\theHBeispiel.\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=1,
breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
linkcolor=red, citecolor=black, urlcolor=blue, filecolor=blue, pdfpagelayout=OneColumn, pdfnewwindow=true, pdfstartview=XYZ, plainpages=false, pdfpagelabels}
%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\end{document}
Bei dieser Version gebe ich allerdings zu bedenken, dass der Leser dann dasselbe Problem bekommt, das auch `hyperref` hat. Es gibt dann ggf. mehrere mit 1 nummerierte Gleichungen:
\documentclass[fleqn]{scrbook}
\usepackage{amsmath}
% for counterwithin
\usepackage{chngcntr}
%Equation Nummerierung innerhalb AuB hat eigenen Zähler
\newcounter{My_temp_eqn_counter}%
% Abschnitt wird arabisch durchnummeriert und nicht pro Kapitel neu angefangen
\counterwithout{section}{chapter}
% Nummerierung der Formeln abschnittsweise und nicht Kapitelweise wie der Default
\numberwithin{equation}{section}
\usepackage[ngerman]{babel}
\newcounter{Beispiel}
\newcommand*{\theHBeispiel}{B\arabic{Beispiel}}
\counterwithin*{equation}{Beispiel}
\newenvironment{Beispiel}{%
\par
\setcounter{My_temp_eqn_counter}{\value{equation}}%
\refstepcounter{Beispiel}%
\counterwithout{equation}{section}%
\renewcommand*{\theHequation}{\theHBeispiel.\arabic{equation}}%
}{%
\setcounter{equation}{\value{My_temp_eqn_counter}}%
\counterwithin{equation}{section}%
\par
}
\usepackage[unicode=true,
bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=1,
breaklinks=false,pdfborder={0 0 1},backref=false,colorlinks=true]
{hyperref}
\hypersetup{pdftitle={Template},
linkcolor=red, citecolor=black, urlcolor=blue, filecolor=blue, pdfpagelayout=OneColumn, pdfnewwindow=true, pdfstartview=XYZ, plainpages=false, pdfpagelabels}
%################################################################
\begin{document}
\section{Abschnitt}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Text_1}
\end{align}
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\begin{align}
A & =B+C
\end{align}
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text\raggedbottom\pagebreak{}
\begin{Beispiel}
Anfang des eingeschobenen Beispiels
Beispieltext
\begin{align}
A & =B+C\label{eq:Beispiel_1}
\end{align}
\begin{align}
B & =D
\end{align}
\begin{align}
B & =D\label{eq:Beispiel_2}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_1}
Springe zu \ref{eq:Beispiel_2}
Ende des eingeschobenen Beispiels
\end{Beispiel}
\clearpage
Weiterer Text Weiterer Text Weiterer Text
\begin{align}
\show\theHequation
A & =B+C\label{eq:Text_3}
\end{align}
Springe zu \ref{eq:Text_3}
\clearpage
\begin{Beispiel}
Und noch ein Beispiel.
\begin{align}
X=Y\label{eq:Beispiel2_1}
\end{align}
\end{Beispiel}
Springe zu \eqref{eq:Text_1} oder \eqref{eq:Beispiel_1} im ersten Beispiel oder
\eqref{eq:Beispiel2_1} im zweiten Beispiel.
\end{document}
Zwar stimmen die Links, der Leser hat aber Orientierungsprobleme.
BTW: Ich halte nichts davon, die Abschnitte unabhängig von den Kapiteln zu nummerieren. Das riecht eigentlich sehr danach, dass Kapitel in Wirklichkeit Teile sind.
BTW2: `hyperref` sollte immer so spät wie möglich geladen werden, weshalb ich es auch in meinen Beispielen entsprechend verschoben habe.
