Wenn ich richtig kapieren, kapiert habe, was Du willst, dann suchst Du `scaled y ticks=base 10:-3`:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=newest}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[scaled y ticks=base 10:-3]
\addplot[
no markers, blue,
domain=0:10000, samples=10,
restrict x to domain=0:5000,
restrict y to domain=0:100000,
samples=300
] { 93231-3.552e-10*x^5};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/pgfplots_2.png
