Es wird von der `addmargin`-Umgebung verursacht. Sie ist Teil von KOMA-Script, dennoch scheint sie diesen Seiteneffekt zu haben. Generell ist es sowieso empfehlenswert, Gliederungsüberschriften nicht in Umgebungen zu haben, sondern "außerhalb" - lasse ich die `addmargin`-Zeilen weg, geschieht das Einrücken wie vorgesehen:
\documentclass{scrartcl}
\begin{document}
\section{Dies ist ein sehr langer Abschnittstitel, der umgebrochen wird}
\subsection{Dies ist ein sehr langer Unterabschnittstitel, der auch umgebrochen wird}
Es folgt Text.
\end{document}
![Ausgabe der Überschriften mit Einzug][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/komascript-ueberschriften-ohne-einzug.png
http://texwelt.de/wissen/upfiles/koma-script-ueberschriften-mit-einzug.png
