Da Version 1.10 von [`pgfplots`][1] jetzt veröffentlicht ist, gibt es eine einfache Lösung für das Problem. Dazu muss die neue Bibliothek `fillbetween` geladen werden.
\documentclass[margin=5mm]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.10}
\pgfplotsset{compat=1.10} % mit writeLaTeX bisher noch nicht möglich
\usepgfplotslibrary{fillbetween}
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{plotdata.dat}
-2.5 0.5 -0.5
-1 -1 1
0 0 0
1 1 -1
2.5 -0.5 0.5
\end{filecontents}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}
\addplot[name path=plot1,green]table[x index={0}, y index={1}]{plotdata.dat};
\addplot[name path=plot2,red]table[x index={0}, y index={2}]{plotdata.dat};
% Füllung zwischen plots
\addplot fill between[
of=plot1 and plot2,
split, % Segmente berechnen lassen, Zählung beginnt bei 0 (also gerader Zahl)
every even segment/.style= {green!10}, % Stil für die geraden Segmente
every odd segment/.style={red!10}, % Stil für die ungeraden Segmente
];
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][2]
[1]: http://www.ctan.org/pkg/pgfplots
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/segmfuell.png
