Das Paket `pdfpages` setzt normalerweise über Option `pagecommand` für alle eingebundenen Seiten explizit `\thispagestyle{empty}`. Durch ein leeres Argument für die Option kann man das ändern, so dass der aktuelle Seitenstil weiter verwendet wird:
\documentclass[12pt,a4paper]{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage[headsepline,
footsepline,plainfootsepline,
markcase=upper,
automark,
]{scrlayer-scrpage}
\usepackage{xcolor}
\setkomafont{pageheadfoot}{\color{red}}% Damit es deutlicher wird.
\usepackage{mwe}
\ifoot{Fußzeilentext}
\begin{document}
Das ist meine erste Seite mit Fußzeile.
\includepdf[pages=1,noautoscale=false,fitpaper=false,pagecommand={}]{example-image-a5.pdf}
\newpage
% Hier kommt die Seite noch einmal ohne Fußzeile
\includepdf[pages={1},
noautoscale=false,
fitpaper=false
]{example-image-a5.pdf}
\end{document}
Für ein reproduzierbares vollständiges Minimalbeispiel [vollständiges Minimalbeispiel](http://texwelt.de/wissen/fragen/569/was-ist-ein-vollstandiges-minimalbeispiel-oder-kurz-vm-und-wie-erstelle-ich-dieses), das auch im Online-Editor funktioniert, habe ich die eingebundene PDF-Datei ausgetauscht und Kopf und Fuß zur Verdeutlichung rot gefärbt. Hier die beiden Seiten zum Vergleich:
![alt text][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test10_4.png
