Die Seiten, die Du meinst, heißen Vakatseiten. Dafür gibt es in der KOMA-Script Anleitung einen eigenen Abschnitt gleichen Namens.
Die KOMA-Script Option `cleardoublepage` bestimmt, welcher Seitenstil auf Vakatseiten genutzt wird. Voreingestellt ist `empty`, also der Seitenstil, bei dem Kopf- und Fußzeile leer bleiben.
Du kannst jetzt beim Laden der Klasse (oder über `\KOMAoptions` in der Präamble) angeben, welchen Seitenstil Du auf diesen Seiten nutzen möchtest. In Deiner Frage hört es sich so an, als wäre das `plain`.
\documentclass[...,cleardoublepage=plain]{scrreprt}
oder
\KOMAoptions{cleardoublepage=plain}% zwischen \documentclass und \begin{document} einfügen
Dann musst Du aber auch dafür sorgen, dass bei diesem die Seitenzahl mit ausgegeben wird. In Deinem Beispiel hast Du löschst Du mit `\clearscrheadfoot` alle voreingestellten Kopf- und Fußzeileninhalte dieses Seitenstils gelöscht, so dass der für die Seitenstile `scrheadings` *und* `plain`. Damit unterscheidet sich bei Dir im Ergebnis `plain` nicht von dem Seitenstil `empty` unterscheidet.
`empty`. Entweder Du verwendest statt `\clearscrheadfoot` nur `\clearscrheadings` oder aber Du fügst die Seitenzahl für den Seitenstil `plain` wieder mit ein:
\ofoot[\pagemark]{\pagemark}
Kann aber auch sein, Du möchtest lieber `scrheadings` oder den speziellen Wert `current`, bei dem der gerade aktuell verwendete Seitenstil auch für die Vakatseite genutzt wird.
Im folgenden Beispiel habe ich einerseits für das Problem nicht benötigte Pakete weggelassen und andererseits das seit Ende 2013 veraltete Paket `scrpage2` durch dessen Nachfolger `scrlayer-scrpage` ersetzt. Außerdem habe ich die aktuelle Syntax für `DIV` verwendet, was die entsprechende Warnung beseitigt und den Wechsel in den Kompatibilitätsmodus verhindert. Beim Laden von `hyperref` wird die Option `pdftex` nicht benötigt.
%% Dokumentenklasse (Koma Script) -----------------------------------------
\documentclass[%
12pt,
english,
a4paper,% voreingestellt, würde auch an geometry weitergegeben
DIV=12,% veraltete Option ersetzt
twoside,
open=right,
cleardoublepage=plain% Seitenstil für Vakatseiten festlegen
]{scrreprt}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage{csquotes}% sprachabhängige Anführungszeichen
\usepackage{blindtext}% Fülltexte zum Testen
\usepackage[
headtopline=2pt,
headsepline=.5pt,
footsepline,
automark
]{scrlayer-scrpage}% veraltetes Paket ersetzt
% scrlayer-scrpage aktiviert automatisch Seitenstil scrheadings
\usepackage[colorlinks,pdfnewwindow]{hyperref}% bis auf wenige Ausnahmen als letztes Paket laden
\ohead{\headmark}
\cfoot{86305 SGC}
\ofoot*{\pagemark}% Stern sorgt dafür, das Seitenzahl auch im Seitenstil plain erscheint
\ifoot{Version 1.0}
\renewcommand*{\chapterpagestyle}{scrheadings}% in Präamble verschoben
\begin{document}
\cleardoublepage
\pdfbookmark{\contentsname}{toc}\tableofcontents
\part{Operating instructions \enquote{System}}
\chapter{1}
\blindtext
\chapter{2}
\end{document}
[![alt text][1]][1]
Wenn Du das vollständige Ergebnis anschaust, siehst, haben die Rückseiten der mit `\part` erzeugten Teileseiten trotzdem keine Seitenzahl. Wenn Du dort auch einen anderen Seitenstil als `empty` haben möchtest, musst Du `\partheademptypage` patchen:
\usepackage{xpatch}
\xpatchcmd{\partheademptypage}
{\thispagestyle{empty}}
{\thispagestyle{plain}}
{}{\PatchFailed}
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_cleardoublepage.png
