Es gibt da vermutlich viele Möglichkeiten, die einfachste ist vermutlich, dass Du die Punkte in einer separaten Tabelle labelst. Aber weil Du das vermutlich schon weisst und nicht magst, hier kommt eine andere Möglichkeit, die die Duplikate einfach ausblendet. Wer weiss, vielleicht ist das am Ende sogar noch für irgendwas gut. ;-)
\documentclass[margin=5mm, tikz]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\usepgfplotslibrary{patchplots}
\pgfplotsset{compat=1.13}
\xdef\LstPN{-1}
\newif\ifDupe
\pgfplotsset{avoid dupes/.code={\Dupefalse
\foreach \X in \LstPN
{\pgfmathtruncatemacro{\itest}{ifthenelse(\X==\punktnummer,1,0)}
\ifnum\itest=1
\global\Dupetrue
\breakforeach
\fi}
\ifDupe
\typeout{\punktnummer\space ist\space ein\space Duplikat!}
\pgfkeysalso{/tikz/opacity=0} %macht die Nummer einfach unsichtbar
\else
\xdef\LstPN{\LstPN,\punktnummer}
\fi}}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[hide axis]
\addplot+[
table/row sep=newline,
patch, % Plot-Typ
patch type=polygon,
vertex count=2, % damit nur Kanten, keine Flächen, gezeichnet werden
%
% Angabe der Verbindungskanten =====================
patch table with point meta={
Startpkt Endpkt colordata \\
0 0 \\
1 1 \\
2 2 \\
3 3 \\% Bis hierhin ok....
0 3 \\% Ab hier wird überschrieben
0 2 \\
},
%
% Beschriftung
visualization depends on={value \thisrowno{0} \as \punktnummer},
every node near coord/.append style={
/pgfplots/avoid dupes
},
nodes near coords={\punktnummer}
]
% Koordinatentabelle
table[header=true, x index=1, y index=2, row sep=\\] {
Nr x y \\
0 0 0 \\
1 1 0 \\
2 0 1 \\
3 1 1 \\
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
[![alt text][1]][1]
Du kannst die redundanten Punktnummern auch einfach killen.
\documentclass[margin=5mm, tikz]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\usepgfplotslibrary{patchplots}
\pgfplotsset{compat=1.13}
\xdef\LstPN{-1}
\newif\ifDupe
\pgfplotsset{avoid dupes/.code={\Dupefalse
\foreach \X in \LstPN
{\pgfmathtruncatemacro{\itest}{ifthenelse(\X==\punktnummer,1,0)}
\ifnum\itest=1
\global\Dupetrue
\breakforeach
\fi}
\ifDupe
\typeout{\punktnummer\space ist\space ein\space Duplikat!}
\xdef\punktnummer{} %macht die Nummer einfach unsichtbar
\else
\xdef\LstPN{\LstPN,\punktnummer}
\fi}}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[hide axis]
\addplot+[
table/row sep=newline,
patch, % Plot-Typ
patch type=polygon,
vertex count=2, % damit nur Kanten, keine Flächen, gezeichnet werden
%
% Angabe der Verbindungskanten =====================
patch table with point meta={
Startpkt Endpkt colordata \\
0 0 \\
1 1 \\
2 2 \\
3 3 \\% Bis hierhin ok....
0 3 \\% Ab hier wird überschrieben
0 2 \\
},
%
% Beschriftung
visualization depends on={value \thisrowno{0} \as \punktnummer},
every node near coord/.append style={
/pgfplots/avoid dupes
},
nodes near coords={\punktnummer}
]
% Koordinatentabelle
table[header=true, x index=1, y index=2, row sep=\\] {
Nr x y \\
0 0 0 \\
1 1 0 \\
2 0 1 \\
3 1 1 \\
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
[1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/Screen_Shot_2018-09-16_at_3.35.42_PM.pnghttps://texwelt.de/wissen/upfiles/Screen_Shot_2018-09-16_at_3.35.42_PM.png
