Ich würde entweder den KOMA-Autor um einen geeigneten Hook bitten, oder einen internen Befehl patchen (das Inhaltsverzeichnis bekommt dabei bewusst keinen Thumb). Meiner Ansicht nach, ist es keine gute Idee, automatisiert ein \label zu setzen - wenn du die Kapitel umbenennst, umbenennst oder umstellst, fliegen dir die Referenzen um die Ohren - aber ich habe es mal drin gelassen.
Ohren.
\documentclass[ngerman, fontsize=9pt, paper=a5]{scrreprt}
\usepackage{thumbs}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{xpatch,expl3}
\ExplSyntaxOn\makeatletter
\cs_new_protected:Npn \addthumbstochapter #1
{
\int_compare:nNnTF { \c@secnumdepth } < { \chapternumdepth }
{ %für \addchap ??
\addthumb{#1}{%
\space\Large\sffamily\bfseries ??}{white}{black}
}
{ %für \chapter
\label{#1}%
\addthumb{#1}{%
\space\Large\sffamily\bfseries \thechapter}{white}{black}}
}
\ExplSyntaxOff
\patchcmd\scr@@startchapter
{\@afterheading}
{\@afterheading
\addthumbstochapter{#2}%
}
{}
{\fail}
\makeatother
\usepackage{mwe}
\begin{document}
\pagenumbering{arabic}
\tableofcontents
\chapter[short]{Chapter 1}
\section{Very important section}
\lipsum[1] \ref{short},\ref{Chapter 2}
\chapter{Chapter 2}
\lipsum[1-2]
\addchap{addchap}
\end{document}
