Das passiert natürlich, weil cleveref immer einen Präfix vor den Link schreiben will, du aber versäumt hast, den Präfix für die neue Art von Links zu definieren. Siehe dazu die Abschnitt 8 der cleveref-Anleitung, in der genau die Symptomatik einschließlich Lösung (Abschnitt 8.1.2) ausführlich behandelt wird.
Auch in [Henris Antwort](https://texwelt.de/wissen/fragen/24913/befehl-fur-mehrfachverweise-erstellen/24991) zur von dir verlinkten Frage ist die notwendige `\crefname`-Anweisung zur Änderung des Präfix für den Zähler `paragraph` zu finden. Die Erklärung in der Anleitung (beide relevante Stellen sind im ersten Absatz genannt) also einfach mal lesen und dann `\crefname` für den von dir verwendeten Zähler `parnumber` passend, also beispielsweise genau wie von Henri für `paragraph` angegeben, anwenden. Aus
\crefname{paragraph}{}{}
in Henris Beispiel wird dann also in deinem Fall
\crefname{parnumber}{}{}
oder auch
\crefname{parnumber}{Randnummer}{Randnummern}
je nachdem, was gewünscht wird.
Der komplette Code mit der ersten der beiden Zeilen wäre dann:
\documentclass[ngerman, fontsize=9pt, paper=a5,
twoside, numbers=enddot,headsepline,plainheadsepline]{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{marginnote}
\renewcommand*{\marginfont}{\sffamily\bfseries}
% Paragraph numbers
\newcounter{parnumber}
\newmarks{\parnummark}
\newcommand\parnum[1][\theparnumber]{%
\leavevmode%
\refstepcounter{parnumber}%
\marks\parnummark{\theparnumber}%
\marginnote%[\raggedleft\parnumstyle{\theparnumber}\label{pn:#1}]
{\theparnumber\label{pn:#1}}%
}
\usepackage{mwe}
%\usepackage{showkeys}
\usepackage[colorlinks=true, hidelinks]{hyperref}
\usepackage[sort&compress]{cleveref}
\crefname{parnumber}{}{}
\begin{document}
\chapter{Erstes Kapitel}
Satz des Pythagoras.\parnum[SdP]
\section{Erster Abschnitt}
\subsection{Erster Unterabschnitt}
Nichts. \parnum
Nichts. \parnum
Nichts. \parnum
Nichts. \parnum
\section{cleveref}
\cref{pn:SdP}
\cref{pn:SdP,pn:5,pn:3,pn:4}
\section{normaler ref}
\ref{pn:SdP}
\ref{pn:2}
\end{document}
[![alt text][1]][2]
Mit der zweiten Variante wäre es:
\documentclass[ngerman, fontsize=9pt, paper=a5,
twoside, numbers=enddot,headsepline,plainheadsepline]{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{marginnote}
\renewcommand*{\marginfont}{\sffamily\bfseries}
% Paragraph numbers
\newcounter{parnumber}
\newmarks{\parnummark}
\newcommand\parnum[1][\theparnumber]{%
\leavevmode%
\refstepcounter{parnumber}%
\marks\parnummark{\theparnumber}%
\marginnote%[\raggedleft\parnumstyle{\theparnumber}\label{pn:#1}]
{\theparnumber\label{pn:#1}}%
}
\usepackage{mwe}
%\usepackage{showkeys}
\usepackage[colorlinks=true, hidelinks]{hyperref}
\usepackage[sort&compress]{cleveref}
\crefname{parnumber}{Randnummer}{Randnummern}
\begin{document}
\chapter{Erstes Kapitel}
Satz des Pythagoras.\parnum[SdP]
\section{Erster Abschnitt}
\subsection{Erster Unterabschnitt}
Nichts. \parnum
Nichts. \parnum
Nichts. \parnum
Nichts. \parnum
\section{cleveref}
\cref{pn:SdP}
\cref{pn:SdP,pn:5,pn:3,pn:4}
\section{normaler ref}
\ref{pn:SdP}
\ref{pn:2}
\end{document}
[![alt text][3]][3]
[1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_dz_cleveref1.png
https://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_dz_cleveref1_1.png
[2]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_dz_cleveref1.png
https://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_dz_cleveref1_1.png
[3]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_dz_cleveref2.pnghttps://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_dz_cleveref2_1.png
