Ich habe auch noch eine Variante zu bieten, bei der keine Ausrichtung von Hand notwendig ist.
Die Beschriftung wird mit dem `anchor=south` in der Mitte der Plots, aber auf dem Rand der bisherigen `bounding box` eingefügt. Durch die Rotation um diesen Punkt befindet sie sich dann hinterher schön zentriert direkt links von der bisherigen `bounding box`.
\documentclass{article}
\usepackage{pgfplots}
\usetikzlibrary{pgfplots.groupplots}
\pgfplotsset{compat=1.9}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{groupplot}[
group style={
group name=my plots,
group size=1 by 6,
xlabels at=edge bottom,
xticklabels at=edge bottom,
ylabels at=edge left,
yticklabels at=edge left,
vertical sep=0pt,
},
ymin = 0.001,
ymax = 10,
ytick = {0.001,0.01,0.1,1},
xlabel={$x$},
width=\textwidth,
height=0.2\textheight,
ymode=log,
no markers% keine "Punkte"
]
\nextgroupplot
\addplot table {\jobname Data.asc};
\coordinate (left top) at (rel axis cs:0,1);
\nextgroupplot
\addplot table [y index=2] {\jobname Data.asc};
\nextgroupplot
\addplot table [y index=3] {\jobname Data.asc};
\nextgroupplot
\addplot table [y index=4] {\jobname Data.asc};
\nextgroupplot
\addplot table [y index=5] {\jobname Data.asc};
\nextgroupplot
\addplot table [y index=6] {\jobname Data.asc};
\coordinate (left bot) at (rel axis cs:0,0);
\end{groupplot}
\path (left top-|current bounding box.west)--
node[anchor=south,rotate=90] {lange Beschriftung}
(left bot-|current bounding box.west);
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/groupplot_1.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/groupplot_2.png
