Dafür definiert man sich ein Makro, das alle gewünschten Aktionen, in diesem Fall also sowohl `\gls` als auch `\sindex` ausführt. Man könnte an dieser Stelle auch noch das `\textcolor` mit einbauen. Alternativ könnte man das aber auch in `\glstextformat` erledigen. Ich gehe hier einfach einmal davon aus, dass nur Einträge im Index rot werden sollen und Einträge ohne Index nicht. Dann ist es sinnvoll die Farbe mit in das neue Makro zu nehmen:
\documentclass[fontsize=11pt,paper=a4,twoside] {scrbook}%,onelinecaption,smallheadings
\usepackage{todonotes}
\usepackage{blindtext}
\usepackage[main=ngerman,icelandic,danish]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[nonumberlist,acronym]{glossaries}
\renewcommand*{\acronymname}{Acrainmneacha}%
\renewcommand*{\acronymname}{Abkürzungsverzeichnis}%
\newacronym{Eintraege}{Eintraege}{Eintrag}
\newacronym{NATO}{NATO}{North Atlantic Treaty Organization}
\makeglossaries
\renewcommand*{\glspostdescription}{}
\usepackage[makeindex]{splitidx}
\usepackage[columns=2,itemlayout=abshang]{idxlayout}
\makeindex
\newindex[Personenregister]{Personen}
\newindex[Sachregister]{Sachen}
\newindex[Werkregister]{Quellen}
\newindex[Ortsregister]{Orte}
\newcommand*{\glsindex}[2][Sachen]{%
\textcolor{red}{\gls{#2}\sindex[#1]{#2}}%
}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Test}
\blindtext
Hier erscheint die \glsindex{NATO}\sindex[Sachen]{NATO|see{North Atlantic Treaty Organization}} zum ersten Mal.
\blindtext
Hier die \glsindex{NATO} zum zweiten Mal.
\cleardoublepage\csname phantomsection\endcsname
\addchaptertocentry{}{Sachregister}
\printsubindex[Sachen]
\printsubindex[Orte]
\cleardoublepage\csname phantomsection\endcsname
\addchaptertocentry{}{Abkürzungsverzeichnis}
\printglossary[type=\acronymtype,style=long,toctitle=Abkürzungsverzeichnis]
\end{document}
Ich habe noch ein paar weitere Änderungen vorgenommen, damit für die Glossare die richtigen Seiten ins Inhaltsverzeichnis geschrieben werden und auch die Verlinkung stimmt. Außerdem wird mit `\addchaptertocentry` die seit einiger Zeit offizielle Schnittstelle von KOMA-Script zum Einfügen von Kapiteleinträgen ins Inhaltsverzeichnis verwendet. Es gibt entsprechende Anweisungen auch für die anderen Gliederungsebenen.
Falls man auch die optionalen Argumente von `\gls` benötigt, muss man sich überlegen, ob man gleichzeitig auch das optionales Argument von `\sindex` wählbar machen muss und sich dann eine entsprechende, eindeutige Syntax einfallen lassen. Man kann sich dann ggf. auch für jeden Index eigene Befehle definieren, beispielsweise:
\documentclass[fontsize=11pt,paper=a4,twoside] {scrbook}%,onelinecaption,smallheadings
\usepackage{todonotes}
\usepackage{blindtext}
\usepackage[main=ngerman,icelandic,danish]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[nonumberlist,acronym]{glossaries}
\renewcommand*{\acronymname}{Acrainmneacha}%
\renewcommand*{\acronymname}{Abkürzungsverzeichnis}%
\newacronym{Eintraege}{Eintraege}{Eintrag}
\newacronym{NATO}{NATO}{North Atlantic Treaty Organization}
\makeglossaries
\renewcommand*{\glspostdescription}{}
\usepackage[makeindex]{splitidx}
\usepackage[columns=2,itemlayout=abshang]{idxlayout}
\makeindex
\newindex[Personenregister]{Personen}
\newindex[Sachregister]{Sachen}
\newindex[Werkregister]{Quellen}
\newindex[Ortsregister]{Orte}
\makeatletter
\newcommand*{\glsSachen}{%
\@ifnextchar [%]
\@glsSachen
\gls@Sachen
}
\newcommand*{\gls@Sachen}[1]{%
\@ifnextchar [%]
{\gls@@Sachen{#1}}%
{\textcolor{red}{\gls{#1}\sindex[Sachen]{#1}}}%
}
\newcommand*{\gls@@Sachen}{}
\def\gls@@Sachen#1[#2]{%
\textcolor{red}{\gls{#1}[{#2}]\sindex[Sachen]{#1}}%
}
\newcommand*{\@glsSachen}[2][]{%
\@ifnextchar [%]
{\@@glsSachen[#1]{#2}}%
{\sindex[Sachen]{#2}\gls[#1]{#2}}%
}
\newcommand*{\@@glsSachen}{}
\def\@@glsSachen[#1]#2[#3]{%
\textcolor{red}{\gls[{#1}]{#2}[{#3}]\sindex[Sachen]{#2}}%
}
\makeatother
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Test}
\blindtext
Hier erscheint die \glsSachen{NATO}\sindex[Sachen]{NATO|see{North Atlantic Treaty Organization}} zum ersten Mal.
\blindtext
Hier die \glsSachen{NATO} zum zweiten Mal.
\cleardoublepage\csname phantomsection\endcsname
\addchaptertocentry{}{Sachregister}
\printsubindex[Sachen]
\printsubindex[Orte]
\cleardoublepage\csname phantomsection\endcsname
\addchaptertocentry{}{Abkürzungsverzeichnis}
\printglossary[type=\acronymtype,style=long,toctitle=Abkürzungsverzeichnis]
\end{document}
Wie gsagt, gesagt, so etwas braucht man nur, wenn man die beiden optionalen Argumente von `\gls` verwenden will.
Und natürlich könnte es sinnvoll sein, entsprechende Befehle auch für `\Gls` etc. zu definieren.definieren. Alternativ könnte man den Indexeintrag auch [an die Formatierung des Begriffs](http://texwelt.de/wissen/fragen/10837/) knüpfen. Was sinnvoll ist, hängt stark davon ab, wie eng die Bindung zwischen `\gls` und der Erzeugung eines Indexeintrags sein soll.