Ich gehe davon aus, dass bei Dir alle Tabellen die Beschriftung oben drüber statt unten drunter gesetzt wird. Damit diese dann nicht zu nah an der Tabelle steht, verwende am besten die KOMA-Script Option `captions=tableheading`.
Außerdem kannst Du die `longtabu` Tabelle in eine `spacing` Umgebung mit dem Argument 1 setzen.
\begin{spacing}{1}
\small
\begin{longtabu}{ll}
...
\end{longtabu}
\end{spacing}
Die Pakete `ltcaption` und `caption` brauchst Du nicht. Die Einstellungen kannst Du alle mit den Mitteln der KOMA-Script Klasse selbst vornehmen.
% Beschriftung Tabellen und Abbildungen
\setkomafont{caption}{\normalcolor\normalfont\small}
\setkomafont{captionlabel}{\bfseries}
\renewcommand*\captionformat{~}
\setcapindent{0pt}
\renewcaptionname{ngerman}{\figurename}{Abb.}
\renewcaptionname{ngerman}{\tablename}{Tab.}
Mit noch ein paar weiteren kleinen Änderungen erhalte ich
![alt text][1]
![alt text][2]
![alt text][3]
Code:
\documentclass[headings=small,ngerman,captions=tableheading]{scrreprt}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage{setspace}
\onehalfspacing
\usepackage{booktabs,longtable,tabu}
% Beschriftung Tabellen und Abbildungen
\setkomafont{caption}{\normalcolor\normalfont\small}
\setkomafont{captionlabel}{\bfseries}
\renewcommand*\captionformat{~}
\setcapindent{0pt}
\renewcaptionname{ngerman}{\figurename}{Abb.}
\renewcaptionname{ngerman}{\tablename}{Tab.}
% Überschriften
\setkomafont{disposition}{\normalcolor\normalfont\bfseries}
\setkomafont{chapter}{\large}
\setkomafont{section}{\normalsize}
\renewcommand*\chapterheadstartvskip{}
\renewcommand*\chapterheadendvskip{\vspace*{8pt \RedeclareSectionCommand[
beforeskip=0pt,
afterskip=8pt plus 2pt minus 2pt}}
2pt
]{chapter}
\RedeclareSectionCommands[
beforeskip=-30pt plus 4pt minus 2pt,
afterskip=8pt plus 2pt minus 2pt
]{section,subsection,subsubsection}
\usepackage{lipsum}% Fülltext
\begin{document}
\chapter{Chapter One}
\lipsum[2]
\begin{spacing}{1}
\small
\stepcounter{footnote}\footnotetext{Darstellung in Anlehnung XYZ.}\addtocounter{footnote}{-1}
\begin{longtabu}{ll}
\caption[Dies ist ein wirklicher langer Captio-Text oberhalb von der longtabu-Tabelle der sogar in die zweite Zeile umbricht.]{Dies ist ein wirklicher langer Captio-Text oberhalb von der longtabu-Tabelle der sogar in die zweite Zeile umbricht.\footnotemark \label{tab:hc-1995-2014-fakten}}
\\
\toprule
\textbf{Spalte Eins} & \textbf{Spalte Zwei} \\
\midrule
\midrule
\endfirsthead
\multicolumn{2}{l}{\emph{Fortsetzung~\tablename~\ref{tab:hc-1995-2014-fakten}}} \\
\midrule[\heavyrulewidth]
\textbf{Spalte Eins} & \textbf{Spalte Zwei} \\
\midrule
\midrule
\endhead
\midrule
\multicolumn{2}{r}{\emph{Fortsetzung nächste Seite}}
\endfoot
\bottomrule
\endlastfoot
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\end{longtabu}
\end{spacing}
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\begin{table}[htb]
\caption{Online-Suchmaschinen wurden für eine allgemeine Suche im Internet genutzt. Wurden für eine allgemeine Suche im Internet genutzt}
\label{tab:versuchsplan}%
\tabulinesep=1mm
\begin{tabu} to \linewidth{X[-1,c,m]X[-1,c,b]X[-1,c,b]X[-1,c,b]X[-1,c,m]}
\tabucline[1pt]{-}
\textbf{Probename} & \textbf{Zuordnung}& \textbf{Schutzgas} &\textbf{Probename} & \textbf{Zuordnung} \\
\tabucline{-}
W1 & $33$ & $33$& W6 & $44$ \\
W1 & $33$ & $33$& W6 & $44$ \\
W1 & $33$ & $33$& W6 & $44$ \\
W1 & $33$ & $33$& W6 & $44$ \\
W1 & $33$ & $33$& W6 & $44$ \\
\tabucline[1pt]{-}
\end{tabu}
\end{table}
\lipsum[1]
\chapter{Chapter Two}
\lipsum[1-3]
\begin{spacing}{1}
\small
\stepcounter{footnote}\footnotetext{Darstellung in Anlehnung XYZ.}\addtocounter{footnote}{-1}
\begin{longtabu}{ll}
\caption[Beschriftung]{Beschriftung\footnotemark \label{tab:hc-1995-2014-fakten2}}
\\
\toprule
\textbf{Spalte Eins} & \textbf{Spalte Zwei} \\
\midrule
\midrule
\endfirsthead
\multicolumn{2}{l}{\emph{Fortsetzung~\tablename~\ref{tab:hc-1995-2014-fakten2}}} \\
\midrule[\heavyrulewidth]
\textbf{Spalte Eins} & \textbf{Spalte Zwei} \\
\midrule
\midrule
\endhead
\midrule
\multicolumn{2}{r}{\emph{Fortsetzung nächste Seite}}
\endfoot
\bottomrule
\endlastfoot
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\end{longtabu}
\end{spacing}
\lipsum
\end{document}
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_longtabu1.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_longtabu2.png
[3]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_longtabu3.png