Das liegt vermutlich an den Boxen, die `beamer` bastelt, um den Platz auf den Folien ohne den Text frei zu halten. Deshalb musst Du auch ganz besonders auf signifikante Leerzeichen wie den Zeilenumbruch nach den schließenden geschweiften Klammern achten. Ich schlage vor:
\documentclass[12pt]{beamer}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\begin{document}
\begin{frame}
\begin{tabular}{lp{5cm}|p{5cm}}
1. & Das ist ein Text. Das ist ein Text. Das ist ein Text. &$a^2+b^2 = c^2$\\
\onslide<2->{2. & Das ist ein Text. Das ist ein Text. Das ist ein Text. &$a^2+b^2 = c^2$\\}%
\onslide<3->{3. & Das ist ein Text. Das ist ein Text. Das ist ein Text. &$a^2+b^2 = c^2$\\}%
\onslide<4->{4. & Das ist ein Text. Das ist ein Text. Das ist ein Text. &$a^2+b^2 = c^2$\\}%
\end{tabular}
\end{frame}
\end{document}
Geändert habe ich:
* erste Spalte Typ `l` (eventuell wäre sogar `r` die bessere Wahl)
* auskommentierte Zeilenende nach den `\onslide`-Anweisungen
