Das Minimalbeispiel in der Frage ist nicht lauffähig, weil unter anderem notwendige Pakete nicht geladen werden, und enthält einige seltsame Sachen. Ich würde Dir dringend einen Blick in die [KOMA-Script Dokumentation][1] empfehlen.
Wenn Du das voreingestellte Verhalten möchtest, dann lass die wilden Umdefinierungen weg, die teilweise Fehler verursachen.
Hier ist mal Dein angepasstes Beispiel, auch wenn ich das Layout seltsam finde. Da das Paket `scrpage2` veraltet ist, verwende ich dessen Nachfolger `scrlayer-scrpage`.
\documentclass[
12pt,
DIV=10,
ngerman,
titlepage,
%parskip = half,
headings = normal,
listof = totoc,
bibliography = totoc,
index = totoc]
{scrreprt}
\usepackage{babel}
\usepackage[latin1]{inputenc}
%% Einstellungen aus dem MWE, die ich nicht so machen würde
\usepackage{setspace}
\onehalfspacing
\usepackage{geometry}
\geometry{left=30mm,right=30mm,top=25mm,bottom=45mm,headheight=21mm}
%%%
\usepackage{xcolor}% Farbpaket
% Kopf- und Fußzeilen
\usepackage[
automark,
headsepline=1pt,% Kopfzeilenlinie mit Vorgabe einer Dicke
]{scrlayer-scrpage}
\clearpairofpagestyles% Zurücksetzen der Kopf- und Fußzeile
\ihead{\textsc{Entwicklung eines Konzeptes }\\ [1ex]{\headmark}}
\ofoot*{\pagemark}% mit älteren Versionen: \ofoot[\pagemark]{\pagemark}
\renewcommand*\chaptermarkformat{}% keine Kapitelnummer in Kopfzeile
\setkomafont{pagehead}{\normalfont\scriptsize}% Schrifteinstellung für Kopfzeile
\setkomafont{headsepline}{\color{gray}}% Farbe Kopfzeilenlinie
%% für das Beispiel nicht benötigt
%\usepackage{chngcntr}
%\counterwithout{footnote}{chapter}
%\usepackage{pdfpages}
\usepackage{blindtext}% für Fülltext
\begin{document}
\pagenumbering{Roman}
\begin{titlepage}
Titel
\end{titlepage}
\blinddocument
\pagenumbering{arabic}
\blinddocument
\end{document}
----------
Wenn Du, aus welchem Grund auch immer das alte `scrpage2` verwenden willst, dann verwende für die Kopf- und Fußzeilen in obigem Beispiel
% Kopf- und Fußzeilen
\usepackage[
automark,
headsepline,% Kopfzeilenlinie mit Vorgabe einer Dicke
headsepline,
]{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot% Zurücksetzen der Kopf- und Fußzeile
\ihead{\textsc{Entwicklung eines Konzeptes }\\ [1ex]{\headmark}}
\ofoot[\pagemark]{\pagemark}
\setheadsepline{1pt}
\setheadsepline{1pt}% Vorgabe der Dicke der Kopfzeilenlinie
\renewcommand*\chaptermarkformat{}% keine Kapitelnummer in Kopfzeile
\setkomafont{pagehead}{\normalfont\scriptsize}% Schrifteinstellung für Kopfzeile
\setkomafont{headsepline}{\color{r}}% Farbe Kopfzeilenlinie
----------
Mir ist auch nicht klar, weshalb Du die Schriftgröße `\footnotesize` umdefinierst. Falls Fußnoten mit der Schriftgröße `\scriptsize` gesetzt werden sollen, dann verwende
\addtokomafont{footnote}{\scriptsize}
[1]: http://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/koma-script/doc/scrguide.pdf
