Wie @esdd schon geschrieben hat, musst Du mit Deinem Beispiel nach Einfügen der Option `handout` eigentlich nur zwei `pdflatex`-Läufe durchführen, um korrekte Bookmarks zu erhalten. Alternativ kann man aber auch zusätzlich das Paket [`bookmark`](http://www.ctan.org/pkg/bookmark) laden. Dieses Paket erweitert den Bookmark-Mechanismus von `hyperref` und ermöglicht es, dass bereits im ersten `pdflatex`-Lauf korrekte Bookmarks erstellt werden:
\documentclass[12pt,handout]{beamer}% Nur mit Option handout wird ein Handout daraus!
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{bookmark}% Einzige echte Änderung!
\begin{document}
\section{Section1}
\subsection{Subsection1}
\begin{frame}
\frametitle{Folie 1}
Text\\
\pause
Text2\\
\pause
Text3
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Folie 2}
Text\\
\pause
Text2\\
\pause
Text3
\end{frame}
\subsection{Subsection2}
\begin{frame}
\frametitle{Folie 3}
Text\\
\pause
Text2\\
\pause
Text3
\end{frame}
\begin{frame}
\frametitle{Folie 4}
Text\\
\pause
Text2\\
\pause
Text3
\end{frame}
\end{document}
Bis auf die in Deinem Beispiel fehlende Option `handout` für die Erzeugung eines Handouts habe ich nur die Zeile zum Laden von `bookmark` ergänzt.