Für das Skalieren bietet sich eventuell das Paket [`tikzscale`][1] an. Bei diesem muss der Code sogar in eine Datei mit `.tikz` auslagert werden. Im folgenden Beispiel verwende ich zusätzlich eine `\fbox` um das Zentrieren besser sichtbar zu machen.
% Inhalt von myplot.tikz
\begin{filecontents*}{myplot.tikz}
\begin{tikzpicture}[>=latex,
x={(0.7cm,0.7cm)},y={(1cm,0cm)}, z={(0cm,1cm)},
punkt/.style={circle,draw,fill=#1,inner sep=0pt,minimum size=9pt},
punkt/.default=white,
nummer/.style={},
%% Zum Einblenden der Koordinatennummern
%nummer/.style={label={[red,font=\tiny,label distance=2mm]below:#1}}
]
% zweidimensionales Gitter
\draw[very thin, lightgray,step=1mm](0,0)grid(3cm,4cm);
% Achsen
\draw[->] (0,0,0) -- (4,0,0) node[above]{$S$};
\draw[->] (0,0,0) -- (0,4,0) node[below,align=left]{Zwischen-\\schritte};
\draw[->] (0,0,0) -- (0,0,4) node[left]{$\xi$};
% Achseneinteilung
\newcommand\xcoords{{1,2,3}}\newcommand\imax{2}
\newcommand\ycoords{{0,1,4.5}}\newcommand\jmax{2}
\newcommand\zcoords{{0,2.5,5}}\newcommand\kmax{2}
% Gitterpunkte benennen
\foreach[evaluate={\x=\xcoords[\i]}] \i in {0,...,\imax}
\foreach[evaluate={\y=\ycoords[\j]}] \j in {0,...,\jmax}
\foreach[evaluate={\z=\zcoords[\k]}] \k in {0,...,\kmax}
\coordinate[nummer=\i\j\k](c\i\j\k)at(\x,\y,\z);
%%% -------------------------------------------------------------------------------
\begin{scope}[node font=\scriptsize]
% Punkte einzeichnen
\node[punkt=lightgray,
label=above:{$J(\xi_{j},1,N-4)$}
](p011)at(c011){?};
\end{scope}
\end{tikzpicture}
\end{filecontents*}
% Eigentliches Dokument
\documentclass{scrreprt}
\usepackage{tikz}
\usepackage{tikzscale}
\usepackage{showframe}
\begin{document}
\chapter{Ein Plot}
\begin{center}
\fbox{\includegraphics[width=0.8\linewidth]{myplot.tikz}}
\end{center}
\end{document}
![alt text][2]
Alternativen sind das Einbinden einer `tex` Datei mit `\input` und das direkte Skalieren des `tikzpicture` über Optionen, siehe [Wie kann ich eine TikZ-Grafik vergrößern oder verkleinern?][3]
[1]: http://www.ctan.org/pkg/tikzscale
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_tikzscale.PNG
[3]: http://texwelt.de/wissen/fragen/867/wie-kann-ich-eine-tikz-grafik-vergroern-oder-verkleinern
