Die Fehlermeldungen:
! Undefined control sequence.
\pgfplots@width ->\figurewidth
l.171 \end{axis}
! Undefined control sequence.
\pgfplots@height ->\figureheight
l.171 \end{axis}
sind eigentlich selbsterklärend. Du verwendest hier für den Wert von `width` und `height` zwei Makros, die gar nicht definiert sind. Welchen Wert diese bei Dir tatsächlich haben sollen, geht aus Deinem Beispiel nicht hervor. Lässt man sie weg, gibt es zumindest ein Ergebnis:
\documentclass{article}
\usepackage{pgfplots}
\begin{document}
\definecolor{mycolor1}{rgb}{0.85490,0.12157,0.23922}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[%
%width=\figurewidth,
%height=\figureheight,
view={0}{90},
scale only axis,
separate axis lines,
every outer x axis line/.append style={white!15!black},
every x tick label/.append style={font=\color{white!15!black}},
xmin=0,
xmax=1200,
xmax=1200,% Diese Zeile besser auskommentieren!
xlabel={Zeit / s},
xmajorgrids,
xminorgrids,
ymin=0,
ymax=6.5,
ytick={1, 2, 3, 4, 5, 6},
ylabel={Betriebsmodus},
ymajorgrids,
yminorgrids,
every outer z axis line/.append style={white!15!black},
every z tick label/.append style={font=\color{white!15!black}},
zmin=-1,
zmax=1,
zminorgrids,
grid style={solid}
]
\addplot [color=black,solid,line width=1.5pt,forget plot]
table[row sep=crcr]{%
0 1\\
1 1\\
2 1\\
3 1\\
4 1\\
5 1\\
6 1\\
7 1\\
8 1\\
9 1\\
10 1\\
11 1\\
12 3\\
13 6\\
14 6\\
15 4\\
16 4\\
17 4\\
18 4\\
19 4\\
20 4\\
21 4\\
22 4\\
23 2\\
24 2\\
25 2\\
26 2\\
27 2\\
28 1\\
29 1\\
30 1\\
31 1\\
32 1\\
33 1\\
34 1\\
35 1\\
36 1\\
37 1\\
38 1\\
39 1\\
40 1\\
41 1\\
42 1\\
43 1\\
44 1\\
45 1\\
46 1\\
47 1\\
48 1\\
49 1\\
50 3\\
51 3\\
52 3\\
53 6\\
54 6\\
55 6\\
56 6\\
57 6\\
58 6\\
59 6\\
60 6\\
61 3\\
62 3\\
63 3\\
64 3\\
65 3\\
66 3\\
67 3\\
68 3\\
69 3\\
70 3\\
71 3\\
72 3\\
73 3\\
74 3\\
75 3\\
76 3\\
77 3\\
78 3\\
79 3\\
80 3\\
81 3\\
82 3\\
83 3\\
84 3\\
85 2\\
86 2\\
87 2\\
88 2\\
89 2\\
90 2\\
91 2\\
92 2\\
93 2\\
94 2\\
95 2\\
96 1\\
97 1\\
98 1\\
99 1\\
100 1\\
101 1\\
102 1\\
103 1\\
104 1\\
105 1\\
106 1\\
107 1\\
108 1\\
109 1\\
110 1\\
111 1\\
112 1\\
113 1\\
114 1\\
115 1\\
116 1\\
117 1\\
118 3\\
119 3\\
120 3\\
121 6\\
122 6\\
123 3\\
124 6\\
125 6\\
126 6\\
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
Ob der Fehler von Dir selbst oder von `matlab2tikz` verursacht wurde, kann ich nicht beurteilen. Im letzten Fall, solltest Du das ggf. melden.
Außerdem würde ich empfehlen, die von mir entsprechend markierte Zeile zusätzlich auszukommentieren. Man erhält dann eine wirklich brauchbare Grafik:
![weniger ist mehr][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_6.png