Das sind eigentlich mehrere Fragen auf einmal. Aus Gründen der Übersicht wäre es besser, Fragen einzeln zu stellen.
Gliederungsebene der Überschrift
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Bei Klassen, die über `\chapter` verfügen, verwendet `glossaries` in der Voreinstellung `\chapter*` für die Überschrift des Verzeichnisses. Da `\chapter` und `\chapter*` normalerweise und in der Voreinstellung von `scrreprt` immer eine neue Seite beginnen, beginnen die Verzeichnisse auch auf einer neuen Seite. Man kann `glossaries` aber über Option `section` auch sagen, dass es eine andere Gliederungsebene verwenden soll, beispielsweise `\section`. Allerdings ist dann zu empfehlen, die ganzen Verzeichnisse unter einer gemeinsamen Kapitelüberschrift zusammenzufassen.
Wiederholung der Spaltenüberschriften
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Bei den `long*`-Stilen für `glossaries` wird das Paket [`longtable`](http://www.ctan.org/pkg/longtable) für die Tabellen der Verzeichnisse verwendet. Will man bei `longtable`, dass die Spaltenüberschriften auf jeder Seite wiederholt werden, muss man diese Kopfdefinition mit `\endhead` beenden.
Beispiel
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Insgesamt ergibt sich dann beispielsweise:
    \documentclass[ngerman]{scrreprt}
    \usepackage[acronym,section=section]{glossaries}% ÄNDERUNG
ÄNDERUNG: \section* statt \chapter* für die Überschrift
     \newglossary[slg]{symbols}{syi}{syg}{Formelverzeichnis}
    \renewcommand*{\glspostdescription}{} % Kein Punkt am Ende der Beschreibung
    
    \newglossary[glg]{greeksymbols}{gyi}{gyg}{Griechische Symbole}
    \renewcommand*{\glspostdescription}{} % Kein Punkt am Ende der Beschreibung
    
    %Aktivierung der Glossar-Befehle
    \makeglossaries
    
    % Eigenen Stil für das Formelverzeichnis definieren
    \newglossarystyle{MyStyle}{
      \glossarystyle{long3colheader}
      \renewenvironment{theglossary}
      {\begin{longtable}{lp{2cm}p{\glsdescwidth}}}
        {\end{longtable}}
      \renewcommand*{\glossaryheader}{\textbf{Symbol} & \textbf{Einheit} &
        \textbf{Beschreibung}\\[3ex]\endhead}% ÄNDERUNG
ÄNDERUNG: Kopf auf jeder Seite wiederholen
      \renewcommand*{\glossaryentryfield}[5]{%
        \glsentryitem{##1}\glstarget{##1}{##2} & ##4 & ##3  \\[1ex]}%
    }
    
    \newglossaryentry{symb:pi}{
      name={\ensuremath{\pi}},
      symbol={-},
      description={Kreiszahl Pi},
      sort=symbolpi,
      type=greeksymbols
    }
    
    \glsaddall
    
    \newacronym{led}{LED}{light-emitting diode}
    \newacronym{led1}{LED}{light-emitting diode}
    
    \begin{document}
    
    % Ausgabe des Verzeichnisses
    \chapter*{Verzeichnisse}% ÄNDERUNG
ÄNDERUNG: \section* statt \chapter* für die Überschrift (unter einer gemeinsamen Überschrift)
    \printglossary[type=\acronymtype,style=long,title= Abk\"urzungsverzeichnis]
    \printglossary[type=symbols,style=MyStyle]
    \printglossary[type=greeksymbols,style=MyStyle]
    \newpage
    \gls{led} HALLO \gls{led}
    
    \end{document}
Ich habe die drei geänderten Zeilen zur besseren Erkennung markiert.