Nachdem @Johannes in seinem Kommentar eigentlich schon die vollständige Antwort auf die Frage gibt, will ich noch ein wenig den Hintergrund erläutern.
LaTeX hat ein komplexes Font-Auswahlsystem eingebaut. Dabei sind Fonts in folgende Attribute unterteilt:
* Encoding = Kodierung: Das ist die Kodierung, in der ein Font vorliegt. Da LaTeX klassisch nur 8-Bit-Fonts, also maximal 256 Zeichen je Font unterstützt, muss ein Font eine bestimmte Codierung besitzen. Die bekanntesten Codierungen sind `OT1` (eine 7-Bit-Codierung) und `T1` (eine 8-Bit-Codierung ähnlich ISO-Latin-1 aka ISO-8859-1). Bei Verwendung von LuaLaTeX oder XeLaTeX ist die Codierung normalerweise die Unicode-Codierung `EU2`.
`EU2` bzw. `EU1`.
* Family = Familie: Das ist quasi der Grundname der Schrift, beispielsweise Computer Modern Roman, Computer Modern Sans Serif, Times New Roman, Arial … Bei LaTeX besteht die Familie üblicherweise auf einem Kürzel von drei bis vier Buchstaben, beispielsweise `cmr` (für Computer Modern Roman) oder `ua1` (für URW A030, einem Arial-Ersatz).
* Shape = Form: Das ist im allgemeinen die Ausrichtung der Schrift. Bei LaTeX ist das normalerweise ein bis zwei Buchstaben wie `n` für *normal* = aufrecht, `it` für *italic* = kursiv, `sl` für *slanted* = schräg oder `sc` für *small capitals* = Kapitälchen.
* Series = Gewicht: Das ist mehr oder weniger die Dicke und die Breite der Schrift. Bei LaTeX sind auch das ein bis zwei Buchstaben wie `m` für *medium* = mittel, `b` für *bold* oder fett, `bx` für *bold extended* oder extrafett.
Kombinationen aus den Schriftattributen werden über die `fd`-Dateien auf reale Fonts (bei TeX auf `tfm`-Dateien) abgebildet, wobei auch noch die Schriftgröße eine Rolle spielen kann. Dabei gibt es zu jeder Familie je unterstützter Codierung eine `fd`-Datei. Im Falle der Wahl einer Kombination aus Codierung und Familie, die nicht unterstützt wird, zu der es also keine `fd`-Datei gibt, wird ein Fehler gemeldet.
Die restlichen beiden Attribute einer Schrift sollen unabhängig voneinander umgeschaltet werden können. Allerdings gibt es nicht für alle Schriften Fonts mit allen möglichen Kombinationen. Daher enthält LaTeX auch zum einen eine Regel zu Standardersetzung, zum anderen gibt es die Möglichkeit, Ersetzungen zu definieren. Auch diese Ersetzungen werden normalerweise in der `fd`-Datei zu einer Schriftfamilie (in einer bestimmten Codierung) festgelegt. Dabei sind auch sogenannte stille Ersetzungen möglich, wenn der Entwickler der Auffassung ist, dass die Ersetzung keine Einschränkung darstellt. So werden beispielsweise bei Grotesk-Schriften (aka serifenlosen Schriften) die Kursiven gerne durch schräge ersetzt, weil dies bei Grotesk den üblichen Gepflogenheiten entspricht.
Trifft LaTeX nun also auf eine Kombination von Attributen, zu denen es keinen echten Font (und keine stille Ersetzung) gibt, dann gibt es eine Meldung wie:
LaTeX Font Warning: Font shape `T1/ua1/m/sc' undefined
(Font) using `T1/ua1/m/n' instead on input line ….
aus. Mit oben Informationen können wir auch leicht ermitteln, welche Schrift betroffen ist. `T1` ist eine Schrift in `T1`-Kodierung. `ua1` ist URW 030, ein Arial-Ersatz. `m` steht für medium weight und `sc` für SmallCapitals. Es gibt also keine normal dicken Arial-Kapitälchen. Das ist korrekt. Arial verfügt über keine echten Kapitälchen. (Textverarbeitungen bieten in solchen Fällen gerne unechte Kapitälchen an, die dadurch entstehen, dass man für die Kleinbuchstaben verkleinerte Großbuchstaben einsetzt. Das führt aber dazu, dass die Stichstärken der Groß- und Kleinbuchstaben nicht zusammen passen. Einen Typographen stellen sich dabei normalerweise die Zehennägel auf.) Da in `t1ua1.fd` keine Ersetzung für diesen Fall definiert ist, wählt LaTeX die Standardersetzung `T1/…/m/n` (die Pünktchen stehen für die aktuelle Familie), also die aktuelle Schrift in mittlerer Stärke und normaler Ausrichtung.
Zusätzlich meldet LaTeX am Ende des Dokuments dann auch noch ganz allgemein, dass Fonts ersetzt wurden:
LaTeX Font Warning: Some font shapes were not available, defaults substituted.
In vielen Fällen, kann man solche Ersetzungsmeldungen ignorieren, weil die Ersetzung bereits das ist, was man selbst auch tun würde. In einigen Fällen weißen sie aber auch auf ein echtes Problem hin, für das man sich eine Lösung einfallen lassen muss. So gibt es beispielsweise von vielen Schriften keine fetten Kapitälchen. Hebt man Namen in einem Dokument durch Kapitälchen hervor, so sollte man dann sehr genau überlegen, ob man Namen in Überschriften ebenfalls durch (nicht fette) Kapitälchen hervorheben will oder ob Überschriften allgemein fett sein müssen. Ähnlich ist es, wenn man Namen in Kapitälchen setzt, Überschriften aber serifenlos. Auch serifenlose Kapitälchen gibt es nur selten, wie obiges Beispiel zeigt. Die Kombination fetter, serifenloser Kapitälchen wäre noch deutlich seltener in einer Schriftfamilie anzutreffen.
Ob man die Meldung einfach ignorieren kann oder tätig werden sollte, hängt also davon ab, wo genau sie auftritt. Die Zeilenangabe in der Warnung ist dafür ein wichtiger Hinweis. Um Dir bei Bedarf einen konkreten Ratschlag geben zu können, benötigen wir aber natürlich außerdem ein konkretes, [vollständiges Minimalbeispiel](http://texwelt.de/wissen/fragen/569/was-ist-ein-vollstandiges-minimalbeispiel-oder-kurz-vm-und-wie-erstelle-ich-dieses) in deiner Frage.
Manchmal weisen die Meldungen auch auf Mängel in der Schrifteinbindung hin. Während bei LaTeX beispielsweise `\bfseries`, also fett, in der Regel auf `bx` abgebildet ist, definieren einige Schrifteinbindungen `\bfdefault` so um, dass es zu `b` wird. Andere Schriften haben aber für `b` keine Ersetzung (durch `bx`) definiert. Dann findet wieder eine Ersetzung durch die nicht fette Variante statt. Besser wäre hier natürlich, wenn `\bfdefault` nicht wegen einer einzelnen Schrift in `b` geändert würde, sondern in der zugehörigen `fd`-Datei eine stille Ersetzung von Kombinationen mit `bx` durch `b` definiert würde.
Bei Verwendung von LuaLaTeX oder XeLaTeX (mit `fontspec`) funktioniert das ganze übrigens ein wenig anders. Dort gibt es weder `tfm`- noch `fd`-Dateien. Auch definiert man dort ggf. die Kombinationen von Fonts bzw. die Abbildung der Kombinationen aus Schriftattibuten auf einen konkreten Font anders. Näheres dazu ist der Anleitung zum Paket `fontspec` zu entnehmen. Die Warnungen bleiben aber die gleichen. Die Verwendung von `fontspec` bzw. LuaLaTeX oder XeLaTeX erkennt man dabei i. d. R. an der oben erwähnten Unicode-Codierung `EU2`.`EU2` bzw. `EU1`.