Das Problem ist schwer bzw. ohne [Minimalbeispiel](http://texwelt.de/wissen/fragen/569/was-ist-ein-vollstandiges-minimalbeispiel-oder-kurz-vm-und-wie-erstelle-ich-dieses) nicht wirklich nachvollziehbar, da `\label` und `\ref` auch bei Fußnoten wie gewohnt funktionieren, wie schon ein ganz einfacher Test zeigt:
\documentclass{article}
\usepackage[ngerman]{babel}
\begin{document}
Hier\footnote{Erste\label{ftn:hier}} dort\footnote{Zweite\label{ftn:dort}}.
Siehe auch Fu"snote \ref{ftn:hier} und \ref{ftn:dort}.
\end{document}
![alt text][1]
![alt text][2]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test13_1.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test14_1.png
