Wenn ein neues Kapitel nicht stets eine neue Seite beginnen soll, dann musst Du bei Verwendung von `\RedeclareSectionCommand` zur Umdefinition der Überschriftenebene `chapter` zusätzlich `style=section` verwenden. Die von Dir erwähnte Fehlermeldung kannst Du beseitigen, in dem Du `\chapterformat` so definierst, wie bei Dir die Kapitelnummer in der Überschrift ausgegeben werden soll.
    \documentclass{scrreprt}[2015/02/07]
    \usepackage{blindtext}
    \RedeclareSectionCommand[
    style=section,
    beforeskip=1\baselineskip,
    afterskip=.5\baselineskip,
    font=\Large
    ]{chapter}
    \renewcommand*{\chapterformat}{%
      \mbox{\chapappifchapterprefix{\nobreakspace}\thechapter%
      \autodot\enskip}}
    \begin{document}
    \KOMAScriptVersion
    \chapter{Kapitel Eins}
    \blindtext
    \chapter{Kapitel Zwei}
    \blindtext
    \end{document}
Ob der erste Absatz nach der Überschrift mit Absatzeinzug (wie in Deiner Frage) oder ohne Absatzeinzug (wie in Deiner Antwort) gesetzt wird, hängt vom Vorzeichen von `beforeskip` ab. Ein negatives Vorzeichen entspricht dem Standardverhalten, d.h. dann wird der erste Absatz nach der Überschrift nicht eingezogen.
![alt text][1]
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Mit der nächsten KOMA-Script Hauptversion von KOMA-Script nach der 3.17a wird man zwar keine Fehlermeldung wegen des undefinierten `\IfUsePrefixLine` erhalten, trotzdem empfiehlt sich auch dann die Neudefinition von `\chapterformat`, da u.a. auch bei gesetzter Option `chapterprefix` die Ausgabe von Präfix und Nummer `\chapterformat` nicht mehr in einer Extrazeile erfolgt und ohne Umdefinition dann an der Überschrift "klebt".  
nötig sein.
  [1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_redeclch.png