Wenn man die Option `appendixprefix = true` weglässt, kann man sich den Befehl `\appendixmore` so definieren, dass ab Beginn des Anhanges die Kapitelnummern entsprechend formatiert werden. Dafür gibt es sogar ein Beispiel in der [Doku][1], [KOMA-Srript Dokumentation][1], in dem nur noch `\autodot` durch den gewünschten Doppelpunkt ersetzt werden muss. 
Wenn Du am Ende der anderen Gliederungsnummern tatsächlich keinen Punkt möchtest, brauchst Du außerdem noch die Option `numbers=noenddot`.
    \documentclass[
      ngerman,
      numbers=noenddot
    ]{scrreprt}
    \newcommand*{\appendixmore}{% siehe Doku
      \renewcommand*{\chapterformat}{%
        \appendixname~\thechapter:\enskip}%
    }
    \usepackage{blindtext}
    \begin{document}
    \blinddocument
    \appendix
    \blinddocument
    \end{document}
![alt text][2]
  [1]: http://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/koma-script/doc/scrguide.pdf
  [2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_appm.png