Ich würde das mit einem zusätzlichen externen Dokument machen:
\documentclass{article}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{eso-pic,picture}
\usepackage{multido}
\usepackage{hyperref,bookmark}
\newcommand*{\KlausurAnzahl}{20}
\newcommand*{\KlausurDatei}{mwe.pdf}
\newcommand*{\NummerXPos}{16cm}
\newcommand*{\NummerYPos}{1cm}
\newcommand*{\NummerFormat}{Klausur Nr. \n}
\begin{document}
\multido{\n=1+1}{\KlausurAnzahl}{%
\AddToShipoutPicture{%
\AtPageUpperLeft{%
\put(\NummerXPos,-\NummerYPos){\NummerFormat}%
}
}%
\bookmark[page=\thepage]{Klausur~\n}%
\includepdf[pages=-]{\KlausurDatei}%
\ClearShipoutPicture
}
\end{document}
Dabei wird [`pdfpages`](http://www.ctan.org/pkg/pdfpages) verwendet, um die eigentliche Klausur einzulesen. Mit Hilfe von [`eso-pic`](http://www.ctan.org/pkg/pdfpages) und [`picture`](http://www.ctan.org/pkg/picture) wird die Position der Beschriftung/Nummerierung und die Beschriftung selbst erledigt. Die Schleife über alle Klausuren wird mit Hilfe von [`multido`](http://www.ctan.org/pkg/multido) realisiert. Alle Angaben wie die des Dateinamens der eigentlichen Klausur, der Anzahl der Klausuren und der Position der Klausurnummerierung sowie des Formats dieser Nummerierung werden über Befehle in der Präambel gesteuert, so dass man sie einfach anpassen kann.
Im Beispiel habe ich die Anleitung zum Paket [`mwe`](http://www.ctan.org/pkg/mwe) als Klausurbeispiel verwendet, das diese Anleitung bei jedem verfügbar sein sollte. Man muss sie natürlich ins Arbeitsverzeichnis der Beispieldatei kopieren, damit das Beispiel funktioniert.
Die Bookmarks mit [`hyperref`](http://www.ctan.org/pkg/hyperref) und [`bookmark`](http://www.ctan.org/pkg/bookmark) sind nur ein nettes Gimmik, das es mir erleichtert hat, die nächste Klausur schneller aufzufinden. Außerdem habe ich mich im Beispiel auf 20 (statt 120) Klausuren beschränkt, damit der Testlauf nicht so lange dauert und das Test-PDF nicht übermäßig groß wird.
Falls die Nummern bereits fest Namen zugeordnet sind, kann man die Schleife natürlich auch mit einem Paket wie [`datatool`](http://www.ctan.org/pkg/datatool) um weitere persönliche Angaben wie Matrikelnummer, Name etc. erweitern.erweitern.
Natürlich könnte man die Lösung auch so abändern, dass innerhalb der `\multido`-Schleife nicht ein externes Dokument geladen, sondern die eigentliche Klausur gesetzt wird. Allerdings muss man dann sehr darauf achten, ggf. für die einzelne Klausur verwendete Zähler wie den Seitenzähler oder einen Punktezähler o. ä. korrekt zurück zu setzen. Außerdem könnte das ganze deutlich langsamer und auch größer werden, beispielsweise wenn man komplexe tikz-Grafiken in der Klausur verwendet. Vorteil wäre dann jedoch, dass die Klausurnummer einfach ins Seitenlayout integriert werden könnte, statt sie über `eso-pic` zu setzen. In Ermangelung einer Beispielklausur sei dieser Weg hier auch nur kurz erwähnt und nicht an einem Beispiel gezeigt.