Du kannst in einer `sidewaystable` Umgebung problemlos zwei Tabellen einfügen. Vertikalen Abstand zwischen diesen bekommst Du mit `\vfill`. `\vspace{<abstand>}`. Außerdem würde ich die Tabellen mit `\centering` zentrieren.
Damit Du auf die Tabellen verweisen kannst, musst Du darauf achten, dass der `\caption` vor dem `\label` steht. Siehe auch [Warum muss in einer `table` oder `figure` Umgebung `\label` nach `\caption` gesetzt werden?][1] `\caption` kann dabei vor oder nach der `tabular` Umgebung stehen. Wenn Du die Beschriftung oberhalb der Tabelle einfügst, empfiehlt es sich außerdem das Paket `caption` oder eine KOMA-Script Klasse zu nutzen. Mit beiden lässt sich vorgeben, dass der Abstand zwischen Tabelle und Beschriftung unterhalb der Beschriftung statt oberhalb eingefügt wird.
\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{rotating}
\title{Tabellen mit sidewaystable}
\author{Unknown}
\newcommand\q{q}% der Befehl war nicht definiert
\begin{document}
\maketitle
\section{Tabelle 1}
\begin{sidewaystable}
\centering
\begin{tabular}{|c|c|c|c|}
\hline
q-OPS & Notation & q-Rodriguesdarstellung& $w$\\\hline
Name & $Func(n,a,b,c,x,q)$& $\frac{a^nc^nq^{n(n+1)}(1-q)^n}{w(x;a,b,c;q)(aq,cq;q)_n}D^n[w(x;aq^n,bq^n,cq^n;q)]$& $w(x;a,b,c;q):=5$\\\hline
\end{tabular}
\caption{Die Drei-Term-Rekursionen der klassischen \q-orthogonalen Polynome}
\label{tab:qCOPS_Rekursion}
\end{sidewaystable}
In Tabelle \ref{tab:qCOPS_Rekursion} sind die Rekursionen gelistet.
Weitere Tabellen sind \ref{tab:CDOPS_Rekursion} und \ref{tab:CDOPS_DGL}
\begin{sidewaystable}
\centering
\begin{tabular}{|c|c|}
\hline
CDOPS & Drei-Term-Rekursion\\\hline
Charlier& $-C \left( n \right) x= \left( -a-n \right) C \left( n \right) +C
\left( n+1 \right) a+nC \left( n-1 \right)$
\\\hline
\end{tabular}
\caption{Die Drei-Term-Rekursionen der klassischen diskreten orthogonalen Polynome}
\label{tab:CDOPS_Rekursion}
\vspace*{2cm}
\begin{tabular}{|c|c|}
\hline
CDOPS & Drei-Term-Differenzengleichung\\\hline
Charlier& $-C \left( x \right) n=C \left( x+1 \right) a- \left( a+x \right) C
\left( x \right) +xC \left( x-1 \right)
$\\\hline
\end{tabular}
\caption{Die Drei-Term-Differenzengleichungen der klassischen diskreten orthogonalen Polynome}
\label{tab:CDOPS_DGL}
\end{sidewaystable}
\end{document}
[1]: http://texwelt.de/wissen/fragen/21/warum-muss-in-einer-table-oder-figure-umgebung-label-nach-caption-gesetzt-werden/45
