Diese Warnung tritt auf, weil das Paket [`cmap`](http://www.ctan.org/pkg) bereits bei der Festlegung der Codierung eines Fonts aktiv werden muss. Deshalb prüft das Paket aktiv, ob das Paket `fontenc`, über das die Font-Codierung festgelegt wird, bereits geladen ist. In diesem Fall wird diese besagte Warnung ausgegeben.
aus dem Titel ausgegeben, die vollständig lautet:
<pre>`Package cmap Warning: fontenc already loaded - some fonts may be unprocessed.`</pre>
Die Lösung des Problems ist also denkbar einfach: `cmap` vor `fontenc` laden:
\documentclass{article}
\usepackage{cmap}
\usepackage[T1]{fontenc}
\begin{document}
Wenn Fliegen hinter Fliegen fliegen, fliegen Fliegen Fliegen nach.
\end{document}