Da Du die Punkte bereits über den Formeln mit `\marginpar` in den Rand schreiben lässt, ist es nicht sonderlich verwunderlich, dass sie auch über der Formel ausgegeben werden. Mann müsste sie dann schon explizit, beispielsweise mit `\raisebox` nach unten verschieben. Allerdings sind Randnoten mit `\marginpar` grundsätzlich beweglich, so dass nicht gesichert ist, wo sie tatsächlich ausgegeben werden.
Das Paket [`marginnote`](http://www.ctan.org/pkg/marginnote) setzt dagegen die Randnotiz immer ausgehend von der Zeile, in der die zugehörige `\marginnote`-Anweisung steht. Damit ist leichter einzuschätzen, wo sie die Note ausgegeben wird. Darüber hinaus funktioniert das Paket auch innerhalb vieler Umgebungen, in denen `\marginpar` versagt. Damit wäre dann beispielsweise folgendes möglich:
\documentclass[11pt]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{fancybox}
\newcommand{\ds}{\displaystyle}
\usepackage{marginnote}
\newcommand{\rand}[1]{\marginnote{\ovalbox{\ovalbox{#1}}}}
\setlength{\marginparpush}{0cm}
\newcommand{\R}{\mathbb{R}}
\usepackage{scrpage2}% Veraltet: Wechsel zu scrlayer-scrpage empfehlenswert.
\usepackage{desclist}
\usepackage{lastpage}
\ihead{\textsc{FB Mathematik}}
\chead{\textsc{\today}}
\ohead{\textsc{Seite \thepage ~von \pageref{LastPage}}}
\setheadsepline{0.5pt}% Sollte nicht ohne Option headsepline verwendet werden!
\setfootsepline{0.5pt}% Sollte nicht ohne Option footsepline verwendet werden!
\pagestyle{scrheadings}
\renewcommand*{\headfont}{\normalfont}% Besser \setkomafont{pageheadfoot} verwenden!
\newcommand{\lsg}{\\\textbf{Lösung:}\\}% \\ ist nicht zu empfehlen. Besser \minisec{Lösung:}
\usepackage{geometry}
\geometry{a4paper,left=2cm,right=2cm, top=2cm, bottom=2.5cm}
\begin{document}
\begin{center}
\LARGE\textbf{Analysis II -- Probeklausur -- Musterlösung} %Nr
\end{center}
\textbf{Aufgabe 1. }($3+2+2$ Punkte)
\begin{itemize}
\item[(a)] Gegeben sei eine Funktion $f:[-2,2]\to\R, x\mapsto x^3-x+5$.
\begin{itemize}
\item[(i)] \textit{Definieren Sie den Mittelwertsatz für uneigentliche Integrale.}
\lsg
Seien $f,g:[a,b]\to\R$ stetig und $g(x)\geq 0$ auf $[a,b]$. Dann existiert ein $\xi\in[a,b]$, so dass
\[\int_a^b f(x)g(x)dx = f(\xi)\int_a^b g(x)dx.\rand{1}\]
\item[(ii)] \textit{Ist dieser Satz auf $f$ anwendbar? Finden Sie alle $\xi\in[-2,2]$, für die gilt: $\int_{-2}^2f(x)dx=4f(\xi)$.}
\lsg
Der Satz ist auf $f$ anwendbar, da $f$ auf $[a,b]$ stetig und $g(x)=1$ existiert, dann gilt:
\[\int_{-2}^2 f(x)g(x) dx = f(\xi)(b-a).\rand{0,5}\]
Jetzt bestimmen wir $\xi$ so, dass $\int_{-2}^2f(x)dx = 4f(\xi)$ gilt. Also:
\begin{align*}
\int_{-2}^2 x^3-x+5\ dx &= \left[ \frac{x^4}{4}-\frac{x^2}{2}+5x\right]_{-2}^2\rand{1} \\
&= (4-2+10)-(4-2-10) = 20 \overset{!}{=} 4f(\xi),
\end{align*}
d.h. $20=4f(\xi)\Leftrightarrow 5 = \xi^3-\xi+5 \Leftrightarrow 0 = \xi(\xi^2-1)\Leftrightarrow \xi_1=0,\xi_2=1,\xi_3=-1$.\rand{0,5}
\end{itemize}
\end{itemize}
\end{document}
Ich habe mir außerdem erlaubt, ein paar Kommentare zum Code einzufügen, deren Beachtung ich Dir nahe legen möchte.
Übrigens halte ich die doppelte Umrandung der Punkte für sehr aufdringlich.
Dir ist bekannt, dass es [für Aufgabenblätter diverse Pakete](http://www.ctan.org/topic/exam) gibt, wie das in IMHO sehr schöne [exsheets](http://www.ctan.org/pkg/exsheets), dessen Autor auch hier aktiv ist und das Paket aktiv weiter entwickelt?