Wenn man das Literaturverzeichnis wirklich von Hand machen will, bietet es sich bei KOMA-Script an, einen neuen Verzeichnisstil mit `\newbibstyle` zu definieren und zu verwenden:
\documentclass[%
headings=small,% veraltete Option ersetzt
headsepline,10pt,a4paper,% A4 ist übrigens Voreinstellung!
numbers=withenddot,% veraltete Option ersetzt
bibliography=leveldown,% Literaturverzeichnis auf \section-Ebene
bibliography=numbered,% Literaturverzeichnis nummerieren und ins Inhaltsverzeichnis
]{scrreprt}
\usepackage[a4paper,% überflüssig,
top=3.8cm,bottom=3cm,left=3.0cm,right=3.0cm,% typografisch betrachtet keine gute Wahl
]{geometry}
\usepackage[ngerman]{babel}% Das Dokument soll vermutlich auf Deutsch sein,
% weil in englischen Dokumenten eher selten
% deutsche Quellen angegeben werden.
\usepackage[utf8]{inputenc}% Umlaute kann man direkt eingeben, wenn man die
% korrekte Eingabecodierung wählt.
% Spezielle Formatierungen für Literaturverzeichnis
\makeatletter
\newbibstyle{hanging}{%
\renewcommand*{\@openbib@code}{%
\setlength{\leftmargin}{\bibindent}% linker Rand
\addtolength{\itemindent}{-\bibindent}% in der ersten Zeile kein linker Rand
}%
\renewcommand*{\@biblabel}[1]{}% Label nicht ausgeben
\let\cite=\citen % keine eckigen Klammern bei \cite
}
\makeatother
\KOMAoptions{bibliography=hanging}% neuen Stil auswählen
\setlength{\bibindent}{1cm}% Wert aus der Frage (ich würde eher 1em oder 2em verwenden)
%Beginn vom Dokument
\begin{document}
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem[ACI Worldwide, Inc., 2016]{ACI2016}
ACI Worldwide, Inc. (2016). ACI Issuer | Credit, Debit \& Pre-Paid Card Issuing Systems | ACI Worldwide. Abgerufen am 6. Januar 2016,
\newblock von http://www.aciworldwide.com/products-and-services/retail-payments/card-management-acquiring-and-settlement/issuer.aspx
\bibitem[Johnson, et al, 2011]{Johnson2011}
Johnson, G., Scholes, K., \& Whittingon, R. (2011). \textit{Strategisches \textit{Strategisches
Management - -- Eine Einf\"uhrung. Einführung. Analyse, Entscheidung und Umsetzung} (9., (9.,
aktualisierte Auflage). Hallbergmoos, Deutschland: Pearson Education.
Education. % Bindestrich im Deutschen mit --, Umlaute direkt eingegeben.
\bibitem[Williams Jr, et al, 2014]{Williams Jr2014}
Williams Jr, R. I., L. Morrell, D., \& V. Mullane, J. (2014). Reinvigorating the mission statement through top management commitment. \textit{Management Decision, 52}(3), 446-459
\end{thebibliography}
\end{document}
![alt text][1]
![Literaturverzeichnis][1]
Generell würde ich aber empfehlen, das Literaturverzeichnis mit [`biblatex`](http://www.ctan.org/pkg/biblatex) und [`biber`](http://www.ctan.org/pkg/biber) zu machen. Das kann sich sehr schnell lohnen.
Bitte beachte auch die Änderungen im Code, die ich insbesondere beim Laden der Klasse vorgenommen habe. Du hattest da einige veraltete Optionen drin, die dazu führten, dass diverse typografische Verbesserungen seit KOMA-Script 2.9u abgeschaltet wurden. Ein LaTeX-Lauf Deines Codes liefert auch entsprechende Warnungen. Darüber hinaus kann man die Verschiebung der Überschrift von Kapitel- zu Abschnittsebene und die Nummerierung über Optionen regeln und muss dazu nicht den Überschriftenbefehl für das Literaturverzeichnis selbst umdefinieren. Ich empfehle, dies in der [KOMA-Script-Anleitung](http://www.komascript.de/scrguide) nachzulesen.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test29_2.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/test30_3.png
