Das erste Problem kommt daher, dass Du `\rowfont` falsch verwendest. Die Syntax ist `\rowfont[`*Ausrichtung*`]{`*Fonteinstellung*`}`. Während also das erste Argument optional ist, ist das zweite obligatorisch. Da Du kein zweites Argument hast, wird der erste Buchstabe zu einer Fonteinstellung und deshalb immer ausgegeben, wenn diese angewandt wird. Wenn Du keine Font-Einstellung vornehmen willst, dann musst Du ein leeres obligatorisches Argument verwenden.
Dein zweites Problem kommt in der Tat davon, dass Du zwei Tabellen verwendest. Nun könnte man den Abstand dazwischen natürlich beseitigen. Einfacher ist aber, die Anweisung `\multicolumn` zu verwenden, die auch bei `tabu` existiert. Siehe dazu auch die Hinweise ganz am Ende von Abschnitt 2.3 in der Anleitung.
\documentclass[12pt, ngerman,]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
%LAYOUT
\usepackage[left=2.5cm, right=2.5cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
%SCHRIFT
\usepackage{setspace}
\setstretch{1,475}
\usepackage{lmodern}
%ABBILDUNGEN UND TABELLEN
\usepackage[table]{xcolor}% Farbpaket mit Tabellenerweiterung laden
\usepackage{tabu}
%------------------
\begin{document}
\section{Überschrift}
\begin{tabu} {|X|X|} \hline
\rowcolor[gray]{0.9}
\rowfont[c]{}
Test mittig & und grau hinterlegt \\ \hline
Linksbündig & Test \\ \hline
\multicolumn{2}{|c|}{\cellcolor[gray]{.9}Ein einziges Feld, Text mittig}\\
\tabuphantomline
\hline
\end{tabu}
\end{document}
Es sei noch darauf hingewiesen, dass seit Jahren eine inkompatible Neuimplementierung von `tabu` (unter demselben Namen) angekündigt ist. Die aktuelle Version ist jedenfalls eingestellt. Auch die bekannten Fehler werden nicht mehr beseitigt. Dasselbe ohne `tabu` könnte beispielsweise so aussehen:
\documentclass[12pt, ngerman,]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
%LAYOUT
\usepackage[left=2.5cm, right=2.5cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
%SCHRIFT
\usepackage{setspace}
\setstretch{1,475}
\usepackage{lmodern}
%ABBILDUNGEN UND TABELLEN
\usepackage[table]{xcolor}% Farbpaket mit Tabellenerweiterung laden
\usepackage{tabularx}
%------------------
\begin{document}
\section{Überschrift}
\begin{tabularx}{\textwidth}{|X|X|}
\hline
\rowcolor[gray]{0.9}
\multicolumn1{|c|}{Test mittig} &
\multicolumn1{c|}{und grau hinterlegt} \\
\hline
Linksbündig & Test \\ \hline
\multicolumn{2}{|c|}{\cellcolor[gray]{.9}Ein einziges Feld, Text mittig}\\
\hline
\end{tabularx}
\end{document}
oder so:
\documentclass[12pt,ngerman]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
%LAYOUT
\usepackage[left=2.5cm, right=2.5cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
%SCHRIFT
\usepackage{setspace}
\setstretch{1,475}
\usepackage{lmodern}
%ABBILDUNGEN UND TABELLEN
\usepackage[table]{xcolor}% Farbpaket mit Tabellenerweiterung laden
\usepackage{hhline}
\usepackage{tabularx}
%------------------
\begin{document}
\section{Überschrift}
\begin{tabularx}{\textwidth}{|X|X|}
\hhline{|-|-|}
\rowcolor[gray]{0.9}
\multicolumn1{|c|}{Test mittig} &
\multicolumn1{c|}{und grau hinterlegt} \\
\hhline{|-|-|}
Linksbündig & Test \\ \hline
\multicolumn{2}{|c|}{\cellcolor[gray]{.9}Ein einziges Feld, Text mittig}\\
\hhline{|--|}
\end{tabularx}
\end{document}
Achja: Nicht wundern, wenn im PDF-Viewer (häufig auch im Online-Editor) je nach Vergrößerungseinstellung manche Linien verschwinden. Im Ausdruck (oder allgemein bei großer Auflösung) sind sie wieder da.
