Da Du bereits `booktabs` lädst und auch dessen `\addlinespace` verwendest, liegt es nahe, eben diese Anweisung auch für die vertikalen Abstände zwischen den Teiltabellen zu verwenden:
\listfiles
\documentclass{scrreprt}
\usepackage{booktabs}
\usepackage[english,ngerman]{babel}
\usepackage{multirow}
\renewcommand*\familydefault{\sfdefault}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{tabularx}
\def\tabularxcolumn#1{m{#1}}
\newcolumntype{L}[1]{>{\raggedright\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
\newcolumntype{C}[1]{>{\centering\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
\newcolumntype{R}[1]{>{\raggedleft\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}m{#1}}
\usepackage[utf8]{inputenc}% Codierung des Online-Editors eingesetzt.
\usepackage[left=2.00cm, right=2.00cm, top=2.00cm, bottom=2.00cm,includeheadfoot]{geometry}
\begin{document}
\fontsize{6pt}{8pt}\selectfont
\noindent
\begin{tabularx}{\textwidth}{|X L{1.3cm}| C{1.3cm}|C{1.3cm}|C{1.3cm}|C{1.3cm}|C{1.3cm}|C{1.3cm}|}
\hline
\multirow{3}{*}{\huge{Stelle}} &\multirow{3}{*}{\huge{A}} & \multicolumn{6}{l|}{} \\
& & \multicolumn{3}{c|}{\textbf{Qudrant 3}} &\multicolumn{3}{l|}{} \\
\multirow{2}{*}{} & \multirow{2}{*}{} & \multicolumn{3}{c|}{Hoch beanspruchte Stelle} &\multicolumn{3}{c|}{Zugeortnete messbare Stelle} \\
\hline \addlinespace[1pt] \hline
\multicolumn{2}{|l|}{Messstellenbezeichnung} & \multicolumn{3}{c|}{e\_1T.Ra1.1R01e1} & \multicolumn{3}{c|}{e\_1T.Ra1.1R01} \\ \hline
\multicolumn{2}{|l|}{Position} & Element & \multicolumn{2}{c|}{475176} & x & 125 & mm \\ \hline
\multicolumn{2}{|l|}{} & Knoten & \multicolumn{2}{c|}{446187} & y & 25 & mm \\ \hline
\multicolumn{2}{|l|}{} & \multicolumn{3}{l|}{} & z & 421 & mm \\ \hline
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
\addlinespace[2\normalbaselineskip]
\hline
\multicolumn{2}{|l|}{\textbf{Komponente}} & \textbf{ x} & \textbf{ y} & \textbf{xy} & \textbf{ x} & \textbf{y} & \textbf{xy} \\ \hline
& & \multicolumn{3}{c|}{komb.} & \multicolumn{3}{c|}{komb.} \\
\hline \addlinespace[1pt] \hline
\addlinespace[2\normalbaselineskip]
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
\multicolumn{2}{|l}{\textbf{Spannungen am Nachweispunkt:}} & \multicolumn{6}{l}{} \\ \hline
Task & & \multicolumn{3}{c|}{102\_B5\_FKM} & \multicolumn{3}{c|}{102\_B5\_FKM} \\
\hline
Maximale Spannung [MPa]& s max & 5,60 & 14,00 & 11,16 & 5,60 & 14,00 & 11,16 \\ %???
\hline
Überlastungsfall & & \multicolumn{3}{c|}{F2 - konstantes Spannungsverhältnis} & \multicolumn{3}{c|}{F2 - konstantes Spannungsverhältnis} \\
\hline
%\addlinespace[2\normalbaselineskip]% Am Ende der Tabelle ist das Unfug!
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
\end{tabularx}
\end{document}
Ganz am Ende der Tabelle auf diese Weise einen Abstand einzufügen halte ich allerdings für nicht sinnvoll, weshalb ich die Anweisung dort auskommentiert habe.
Die ganzen Pakete und Einstellungen, die mit dem Problem nichts zu tun haben, habe ich absichtlich weggelassen. Außerdem möchte ich Dir dringend nahe legen, in Deiner Paketliste aufzuräumen. Du lädst das da beispielsweise diverse Pakete doppelt und dreifach. Das erschwert die Wartung eines Dokuments erheblich. erheblich und steht natürlich im Widerspruch zu einem *Minimal*beispiel. Statt `latin1` verwende ich im Beispiel `utf8`, weil das die Codierung des Online-Editors und die voreingestellte Codierung der meisten LaTeX-Editoren ist.
