Im Folgenden antworte ich nur auf die Frage, wie die Legendeneinträge nebeneinander gesetzt werden können, da das andere Problem durch das MWE nicht reproduziert werden kann.
Mit der Option `/pgfplots/legend columns` kann angegeben werden, wie viele Legendeneinträge nebeneinander gesetzt werden. Voreingestellt ist der Wert `1`, mit dem alle Einträge vertikal untereinander gesetzt werden. Sollen alle Einträge horizontal nebeneinander gesetzt werden, muss `/pgfplots/legend columns=-1` angegeben werden. 
Für Dein Beispiel kannst Du also `legend columns=-1` oder `legend columns=2` als Option für die `axis` Umgebung verwenden. Wobei ich dann am Ende des ersten Eintrags etwas horizontalen Leerraum einfügen würde und die Legende relativ zum Diagramm anders ausrichten würde.
    legend style={
      draw=none,
      legend cell align=left,
      at={(0,1.05)},% <-
      anchor=south west,% <-
      legend image code/.code={
        \filldraw[##1] (-.5ex,-.5ex) rectangle (1ex,1ex);
      },
    },
    legend columns=-1% <-
![alt text][1]
Code:
    \documentclass[fontsize=12pt,paper=a4]{scrartcl}
    \usepackage{pgfplots,filecontents}
    \pgfplotsset{compat=newest}
    \usepgfplotslibrary{dateplot}
    \usepackage{tikzscale}
    \usepackage{blindtext}
    \begin{filecontents}{cbisinterestrates.csv}
    Date,Overnight CBI rates,CBI current account rates
    1999-12-30,10.00,4.50
    2000-01-04,10.00,4.50
    2015-12-31,7.50,5.50
    2016-01-01,7.50,5.50
    \end{filecontents}
    \begin{filecontents}{cbisinterestrates.tikz}
    \begin{tikzpicture}
    \sffamily
      \begin{axis}[
      date ZERO=2000-01-01,
        date coordinates in=x,
        no marks,
        width=12cm,
        height=6cm,
        enlargelimits=false,
        xticklabel={\tiny\year},
        xtick={2000-1-1,2001-01-01,2002-01-01,2003-01-01,2004-01-01,2005-01-01,2006-01-01,2007-01-01,2008-01-01,2009-01-01,2010-01-01,2011-01-01,2012-01-01,2013-01-01,2014-01-01,2015-01-01,2016-01-01},
        xtick pos=left,
        xtick align=outside,
        ymin=0,ymax=28,
        ytick={0,4,...,28},
        yticklabel={\pgfmathprintnumber[verbatim]{\tick}\%},
        ytick style={draw=none},
        yticklabel pos=right,
        ymajorgrids=true,
        legend style={
          draw=none,
          legend cell align=left,
          at={(0,1.05)},% <-
          anchor=south west,% <-
          legend image code/.code={
            \filldraw[##1] (-.5ex,-.5ex) rectangle (1ex,1ex);
          },
        },
        legend columns=-1% <-
        ]
        \addplot table[col sep=comma,x=Date,y={Overnight CBI rates}] {cbisinterestrates.csv};
        \addlegendentry{Overnight CBI rates\quad\null};%<-
        \addplot table[col sep=comma,x=Date,y={CBI current account rates}] {cbisinterestrates.csv};
        \addlegendentry{CBI current account rates};
      \end{axis}
    \end{tikzpicture}
    \end{filecontents}
    \begin{document}
    \begin{figure}
    \begin{center}
    \includegraphics[width=1.0\linewidth]{cbisinterestrates.tikz}
    \end{center}
       \caption{Interbankfinanzkredite}
       \label{Fig:interbankfinanzkredite}
    \end{figure}
    \end{document}
----------
Eine **Vermutung** zur Herkunft der Zeilenumbrüche innerhalb Deiner Legendeneinträge:
In der Voreinstellung findet in den Legendeneinträgen kein Zeilenumbruch statt. Dein Bild kann ich aber erreichen, in dem ich bei `legend style` noch `text width=3cm` einfüge. 
Es könnte also sein, dass Du an irgendeiner Stelle in Deinem Code global eine Vorgabe für `text width` für die Legenden machst. Falls dem so wäre, machst oder mit etwas wie `\tikzset{nodes={text width=3cm}}` eine feste Textbreite für alle Noden einstellst. Dann könntest Du diese Vorgabe das mit `text width={}` lokal rückgängig machen.
`nodes={text width={}}` wieder aufheben.
    legend style={
      draw=none,
      text width={},%<-
nodes={text width={}},%<-
      legend cell align=left,
      at={(0,1.05)},
      anchor=south west,
      legend image code/.code={
        \filldraw[##1] (-.5ex,-.5ex) rectangle (1ex,1ex);
      },
    },
}
  [1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_legend.png