Die `scheme`-Umgebung unterscheidet sich in diesem Punkt nicht von einer anderen Gleitumgebung.
Gleitumgebungen haben nun einmal die Eigenschaften, dass sie nicht zwingend an der Stelle ausgegeben werden, an der sie im Text stehen. Sie haben deshalb auch nur sehr geringen Einfluss auf den Text, der ihnen nachfolgt. Einer der wenigen Einflüsse ist, dass wenn eine Gleitumgebung unmittelbar nach einer Überschrift `here` ausgegeben wird, der Text danach zwar noch immer der erste Textabsatz nach der Überschrift ist, aber nicht mehr seinen Einzug verliert, weil er nicht mehr unmittelbar nach der Überschrift steht. Dagegen beeinflusst eine `here`-platzierte Gleitumgebung mitten in einem Absatz auch nicht den Text danach:
\documentclass[12pt,a4paper,toc=bibliography,numbers=noenddot]{scrreprt}
\usepackage[final]{graphicx}
%Neue Gleitumgebung für (Reaktions-)Schemata
\DeclareNewTOC[
type=scheme, % Name der Umgebung
types=schemes, % Erweiterung (\listofschemes)
float, % soll gleiten
floatpos=htbp, % voreingestellte Gleitparameter
name=Schema, % Name in Überschriften
]{sch}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\section{Synthese}
\blindtext
\begin{scheme}
\centering
\includegraphics[scale=0.4]{example-image}
\caption{Synthese}
\end{scheme}
\blindtext
\end{document}
![alt text][1]
Tatsächlich kommt der Einzug also nicht wirklich von der Gleitumgebung, sondern von der Tatsache, dass es sich um einen neuen Absatz handelt. Da dieser Absatz nicht mehr unmittelbar nach der Überschrift steht, ist es auch korrekt, dass er eingezogen wird.
Es gibt nun in der Tat eine Möglichkeit, mit einigem internen Wissen zu `\DeclareNewTOC` den Einzug dennoch zu verhindern:
\documentclass[12pt,a4paper,toc=bibliography,numbers=noenddot]{scrreprt}
\usepackage[final]{graphicx}
%Neue Gleitumgebung für (Reaktions-)Schemata
\DeclareNewTOC[
type=scheme, % Name der Umgebung
types=schemes, % Erweiterung (\listofschemes)
float, % soll gleiten
atend=\aftergroup\aftergroup\aftergroup\noindent
\aftergroup\aftergroup\aftergroup\ignorespacesafterend,
floatpos=htbp, % voreingestellte Gleitparameter
name=Schema, % Name in Überschriften
]{sch}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\section{Synthese}
\begin{scheme}
\centering
\includegraphics[scale=0.4]{example-image}
\caption{Synthese}
\end{scheme}
\blindtext
\end{document}
![alt text][2]
Das funktioniert sogar noch bei gleichzeitiger Deklaration und Verwendung einer nicht gleitenden Umgebung. Allerdings darf man jetzt auf keinen Fall mehr wirklich einen Absatz/Leerzeile nach einer unmittelbar auf eine Überschrift folgende Gleitumgebung machen. Gleitet die Gleitumgebung tatsächlich weg, hätte das dann nämlich genau den gegenteiligen Effekt:
\documentclass[12pt,a4paper,toc=bibliography,numbers=noenddot]{scrreprt}
\usepackage[final]{graphicx}
%Neue Gleitumgebung für (Reaktions-)Schemata
\DeclareNewTOC[
type=scheme, % Name der Umgebung
types=schemes, % Erweiterung (\listofschemes)
float, % soll gleiten
atend=\aftergroup\aftergroup\aftergroup\noindent
\aftergroup\aftergroup\aftergroup\ignorespacesafterend,
floatpos=htbp, % voreingestellte Gleitparameter
name=Schema, % Name in Überschriften
]{sch}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\section{Synthese}
\begin{scheme}[t]
\centering
\includegraphics[scale=0.4]{example-image}
\caption{Synthese}
\end{scheme}% ACHTUNG: Die nachfolgende Leerzeile muss weg!!!
\blindtext
\end{document}
![alt text][3]
Empfehlen würde ich allerdings, das Standardverhalten beizubehalten. Das ermöglicht nicht nur, alle gewünschten Abweichungen vom üblichen Verhalten explizit vorzunehmen, sondern vermeidet dabei auch noch unerwünschte Nebenwirkungen, falls die Gleitumgebung eben doch weggleitet.
Soll die Umgebung wie von @Clemens vermutet tatsächlich nie gleiten, so bietet `\DeclareNewTOC` mit Option `nonfloat` auch eine nicht gleitende Umgebung. Da diese ggf. den Absatz beginnt, ist der ohne Leerzeile nachfolgende Text dann auch nicht eingerückt:
\documentclass[12pt,a4paper,toc=bibliography,numbers=noenddot]{scrreprt}
\usepackage[final]{graphicx}
%Neue Gleitumgebung und nicht gleitende Umgebung für (Reaktions-)Schemata
\DeclareNewTOC[
type=scheme, % Name der Umgebung
types=schemes, % Erweiterung (\listofschemes)
nonfloat,
float, % soll gleiten
floatpos=htbp, % voreingestellte Gleitparameter
name=Schema, % Name in Überschriften
]{sch}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\section{Synthese}
\begin{scheme-}
\centering
\includegraphics[scale=0.4]{example-image}
\caption{Synthese}
\end{scheme-}
\blindtext
\end{document}
![alt text][4]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test63.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test64.png
[3]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test65.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/test65.png
[4]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test71.png