1. - Das was kommt ist kein Fehler, sondern eine Warnung.
Class scrartcl Warning: Using fallback calculation to setup font sizes
(scrartcl) for basic size `16pt' on input line 1267.
2. - Ich kann es mit TeXlive 2013 reproduzieren, nicht aber mit aktuellem TeXlive 2016. Du solltest also updaten.
3. - Ungeachtet dessen welche Version ich verwende wird die Schriftgröße immer auf 16pt gesetzt.
\RequirePackage{fix-cm}
\documentclass[fontsize=16pt]{scrartcl}
\begin{document}
\pdftexbanner
% Textschriftgröße
16pt?
% Wähle absichtlich 16pt
{\fontsize{16}{16}\selectfont 16pt!}
\end{document}
![alt text][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_158.png
