Da Kopf und Fuß der Seite vor allem der Orientierung beim Blätter dienen, ist es bei einem gedruckten Wert Werk sicher sinnvoll diese immer an derselben Stelle zu haben. Nur, weil eine Seite eine gedrehte Tabelle enthält, sollten also Kopf und Fuß nicht ebenfalls die Orientierung ändern und am inneren bzw. äußeren Rand stehen. Für ein PDF, das nicht gedruckt, sondern nur am Bildschirm betrachtet werden soll, ist wiederum das Einfügen einer Seite in einem anderen Format deshalb oftmals problematisch, weil der Bildschirm selbst ein festes Format und eine feste Ausrichtung besitzt.
Trotzdem bietet KOMA-Script die Möglichkeit, innerhalb des Dokument das Seitenformat zu ändern. Es gibt in Abschnitt 20.1 der KOMA-Script-Anleitung sogar ein Beispiel dazu. Darüber hinaus enthält `typearea` seit einiger Zeit eine experimentelle Option, um die Zusammenarbeit mit `geometry` zu verbessern. Das ermöglicht in gewissen Grenzen auch, das Seitenformat nach der Änderung des Papierformats erneut mit `\newgeometry` einzustellen:
\documentclass[12pt,a4paper,usegeometry]{scrreprt}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{array}
\renewcommand*{\arraystretch}{1.4}
\usepackage{amssymb}
\usepackage[left=3.50cm, right=3.00cm, top=2.5cm, bottom=2.00cm]{geometry}
\usepackage{lscape}
\setkomafont{disposition}{\normalcolor\bfseries} %schreibt alles in Serifenschrift
\usepackage[automark,headsepline=1.3pt,plainheadsepline]{scrlayer-scrpage}[2014/10/28]
\usepackage{graphicx}
\usepackage{diagbox}
\usepackage{booktabs} %für deutlichere Kennzeichnung der Tabellen
\ohead{\headmark}
\ihead*{\includegraphics[scale=0.05]{example-image}}
\cfoot*{\pagemark}
\usepackage{mwe}
\begin{document}
\blindtext
\storeareas\normaleseite\cleardoublepage
\KOMAoptions{paper=landscape,pagesize}
\newgeometry{left=3.50cm,width=23.2cm,top=2.5cm,height=16.5cm}
\section{Vergleich der einzelnen asdfjkl}
\begingroup% Gleitumgebung ist hier kaum sinnvoll.
\centering
\captionaboveof{table}{Nutzwertanalyse der verschiedenen asdf jklo}
\begin{tabular}{|>{\centering\arraybackslash}p{6.5cm}|ccccccc|}
\hline
\diagbox{Eigenschaften}{asdfjkl} & Wertung & DDD & LLL & LL & OOO & BW & SW\\
\midrule[2pt]
asdfasfdasfasfasfdasfasf [C] && 20000 & 200000 & 10000 & 10000 & 120 & 50 \\
sfdasfdasfdasfdasdfasdfa && sehr hoch & k.A. & k.A. & hoch & sehr hoch & niedrig\\
Lebensdauer [h] && 200.000 & k.A. & k.A. & 40.000 & 200.000 & 10.000\\
asfdasfasf &&&&&&&\\
asdfasfas &&&&&&&\\
testestsetestsetest && ja & ja & ja & nein & ja & nein\\
asdfasfdasfd &&&&&&&\\
ffffffffffffffffn &&&&&&&\\
asdfasdfasfdsfasf && 123123123 &&&&&\\
ffffffffffffffffffff fffffffffffffffff &&&&&& niedrig & hoch\\
\hline
\end{tabular}
\par
\endgroup
\cleardoublepage
\normaleseite
\blindtext
\end{document}
Es sei darauf hingewiesen, dass Option `usegeometry` bisher nicht offiziell dokumentiert ist und sich daher noch jederzeit ändern kann. Es gibt im KOMA-Script-Projekt sogar zwei Umfragen dazu.