Wenn ich Deinen nicht funktionierenden Code nach eigenem Dünkel korrigiere und erweitere sehe ich nicht, dass man den Abstand vergrößern müsste. Wenn man es doch will, kann man den Layer der Linie, `scrheadings.head.below.line`, mit `\ModifyLayer` und Attribut `addvoffset` vertikal verschieben. Ich vermute aber fast, dass verschieben:
\documentclass [12pt,captions=tableabove]{scrbook}% Überflüssige Optionen entfernt.
\usepackage[onehalfspacing]{setspace}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lmodern}% Vielleicht war das gemeint???
\usepackage[headsepline]{scrlayer-scrpage}
\automark[chapter]{chapter}
\automark*[section]{}
% Voreinstellungen entfernt.
% Für das Problem durch etwas verursacht wird, gänzlich überflüssige Pakete entfernt.
\ModifyLayer[addvoffset=.5ex]{scrheadings.head.below.line}
\usepackage{mwe}
\begin{document}
\blinddocument
\end{document}
Das alles nur unter der Voraussetzung, dass Du nicht in Wirklichkeit ein ganz anderes Problem vorliegt, das uns in Deinem Code Dein nicht gezeigt hast. Also bitte korrigiere das Beispiel!funktionierendes Beispiel verschweigt.
