Ohne [vollständiges Minimalbeispiel](http://texwelt.de/wissen/fragen/569/) und ohne `log`-Datei, also gänzlich ohne Informationen darüber, welche Fonts verwendet werden, würde ich vermuten, dass du das Linux-Paket [`cm-super`](https://packages.debian.org/search?keywords=cm-super) installieren musst. Außerdem würde ich bei Verwendung von `LyX` unbedingt empfehlen, nicht nur Teile von TeX-Live zu installieren, sondern min. `texlive-full`. Eventuell ist es sogar empfehlenswert [Vanilla-TeX-Live zu installieren](http://texwelt.de/wissen/fragen/11038/wie-installiere-ich-latex#vanilla).
Davon abgesehen, sei darauf hingewiesen, dass Blocksatz ohne Trennung auch bei Verwendung von `microtype` in den seltensten Fällen funktioniert. Ja, ich weiß man kann sogar einen Text mit monospaced Font ohne Trennung und bei einheitlichem Wortzwischenraum im Blocksatz schreiben. Aber das geht eben nur als Kunstform mit speziell verfassten Texten. Für beliebigen Text funktioniert es nicht. Verwende dann besser [Rausatz](https://de.wikipedia.org/wiki/Rauhsatz) mit [`ragged2e`](http://ctan.org/pkg/ragged2e).
Darüber hinaus sei darauf hingewiesen, dass man auf Dauer mit LyX selten glücklich wird, wenn man nicht zumindest die Grundlagen von LaTeX verstanden hat. Der LyX-Maintainer selbst empfiehlt LyX ebenfalls eher für Anwender, die bereits solche Kenntnisse besitzen. Ich persönlich finde daher LyX für Anfänger nur bedingt geeignet, da sie sich gleichzeitig in das sehr komplexe LyX einarbeiten müssen und in LaTeX. Bei Problemen ist es dann für den Anfänger schwer herauszufinden, ob er ein LyX- oder ein LaTeX-Problem hat. Auch mit LaTeX-Anworten hat er dann gerne das Problem, dass er die Anwendung mit LyX nicht gemeistert bekommt. Daher benötigt ein LaTeX-Anfänger, der sich ausschließlich LyX verwendet, in der Regel einen erfahrenen Anwender physisch an seiner Seite.
Sich mit einem [normalen Editor](http://texwelt.de/wissen/fragen/884/welcher-latex-editor-fur-einsteiger-empfehlenswert) in die Grundlagen von LaTeX einzuarbeiten ist meist einfacher als mit LyX.