Da wir über `Beispiel.pdf` nicht verfügen, Dein Beispiel also nicht lauffähig ist, ist schwer zu sagen, wo genau Dein Problem liegt. Daher nur ein paar allgemeine Hinweise.
[`pdfpages`](http://www.ctan.org/pkg/pdfpages) und dessen Befehl `\includepdf` ändert nichts an der Formatierung des restlichen Dokuments, wie Du in folgendem [VM](http://texwelt.de/wissen/fragen/569/) leicht kontrollieren kannst, indem Du die `\includepdf`-Zeile wahlweise auskommentierst.
\documentclass[12pt]{scrartcl}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{mwe}% für Dummy-Text und Dummy-Bild, siehe: http://texwelt.de/wissen/fragen/569/
\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\appendix
\clearpage% \includepdf beginnt eine neue Seite, was wir hier vorziehen
\addcontentsline{toc}{part}{Anhang}% das ist definitiv kein section
\includepdf{example-image-a4}
\end{document}
Es sei außerdem darauf hingewiesen, [dass `\begin{appendix}…\end{appendix}` `\\begin{appendix}…\\end{appendix}` laut Anleitung der Klasse falsch ist](http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/koma-script/doc/scrguide.pdf#maincls.cmd.appendix). Deshalb habe ich es entsprechend ersetzt.
Wenn Du jedoch willst, dass das eingebundene Dokument dieselbe Formatierung hat wie das Dokument in dem es eingebunden wird, so kannst Du kein PDF einbinden. Beim Einbinden eines PDFs wird dieses niemals neu formatiert. Wenn das einzubindende Dokument ebenfalls einer LaTeX-Datei entstammt, kannst Du den *Inhalt* des anderen Dokuments, also nur den Teil von `\begin{document}` bis `\end{document}` per `\input` laden. Dann wird es neu gesetzt. Natürlich müssen ggf. Pakete und Definitionen aus der Präambel des anzuhängenden Dokuments in die Präambel des einbindenden Dokuments integriert werden.
Soll nur der Inhalt der Seiten eines externen PDFs zwar ohne Umformatierung des Inhalts aber auch ohne Kopf- und Fußzeilen eingebunden werden, so ist das ebenfalls per `pdfpages` und `\includepdf` möglich. Man kann dann nämlich beispielsweise mit Option `trim` und mit Option `clip` die Ränder oder einen Teil davon abschneiden und mit `offset` ggf. wieder neue Ränder hinzufügen. Gleichzeitig kann man mit `pagecommand={}` dafür sorgen, dass der Seitenstil des restlichen Dokuments fortgesetzt wird. Hier einmal ein Beispiel dafür:
\documentclass[12pt]{scrartcl}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{mwe}% für Dummy-Text und Dummy-Bild, siehe:
% http://texwelt.de/wissen/fragen/569/
\pagestyle{headings}
\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\appendix
\clearpage% \includepdf beginnt eine neue Seite, was wir hier vorziehen
\addcontentsline{toc}{part}{Anhang}% das ist definitiv kein section
\markright{Anhang}
\includepdf[pagecommand={},trim=1cm 1cm 1cm 1cm,clip]{example-image-a4}
\end{document}
