Kurz gesagt: Diverse Pakete enthalten Anleitungen, in denen explizit vermerkt ist, wenn bekannt ist, dass sie sich schlecht mit anderen Paketen vertragen oder eine bestimmte Reihenfolge einzuhalten ist oder ähnliche Probleme zu erwarten sind. Ebenso enthalten einige Paketanleitungen Hinweise über Paketabhängigkeiten. Man sollte also die Anleitungen der verwendeten Pakete konsultieren.
Ebenso sollten Vorlagen natürlich eine Anleitung besitzen. Allerdings sollte man davon dann nicht erwarten, dass darin erklärt ist, welche Pakete man nicht in die Vorlage einfügen und welche Änderungen man nicht vornehmen sollte. Im allgemeinen sind die Vorlagen ja eher dazu gedacht wie vorgefunden verwendet zu werden. Schön wäre natürlich, wenn dokumentiert wäre, welche Klasse und welche Pakete von der Vorlage verwendet werden oder in welchen Dateien man diese Informationen findet. Dann kann man wieder in den jeweiligen Anleitungen nachlesen.
Ansonsten kann man die Vorlage natürlich auch ggf. um ein `\listfiles` erweitern und dann am Ergebnis aus der `log`-Datei ablesen, welche Klasse und welche Pakete verwendet werden. Das geht sogar ohne `\listfiles`, ist dann aber etwas aufwändiger.
Grundsätzlich kritisch ist der Vermischung mehrerer Pakete, die dem gleichen Zweck dienen. So sollte man beispielsweise in der Regel nicht mehrere Seitenstil-Pakete oder mehrere Überschriftenstil-Pakete gleichzeitig verwenden.verwenden. Manchmal sind solche Dinge natürlich auch möglich, wenn beispielsweise ein Paket auf dem anderen aufbaut. So kann man etwa `tabularx` gleichzeitig mit `array` verwenden, muss dann aber `array` nicht explizit laden, weil `tabularx` das bereits erledigt.