Das geht sehr einfach mit dem Paket [`threeparttablex`](http://www.ctan.org/pkg/threeparttablex). Dazu das Beispiel aus der Anleitung erweitert zum vollständigen Minimalbeispiel:
\documentclass{article}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{longtable}
\usepackage{threeparttablex}
\begin{document}
\begin{ThreePartTable}
\begin{TableNotes}
\item[a] A note
\item[b] Another note
\end{TableNotes}
\begin{longtable}{l l}
\toprule
Column 1 & Column 2 \\
\midrule
\endhead
\cmidrule{2-2}
\multicolumn{2}{r}{\textit{continued}}
\endfoot
\bottomrule
\insertTableNotes
\endlastfoot
% the contents of the table
A
& B\tnote{a} \\
C\tnote{b} & D
\\
\end{longtable}
\end{ThreePartTable}
\end{document}
![Tabelle aus der Anleitung][1]
Angewendet auf dein Beispiel könnte das so aussehen:
\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{longtable}
\usepackage{threeparttablex}
\begin{document}
\begin{ThreePartTable}
\begin{TableNotes}
\item[1] Fußnote 1
\item[2] Fußnote 2
\end{TableNotes}
\begin{longtable}{p{5cm}*6r}
\caption{Überschrift}\label{Tab. x}\\
\toprule
\endfirsthead
\toprule
\endhead
\bottomrule
\endfoot
\bottomrule
\insertTableNotes
\endlastfoot
& \multicolumn{2}{c}{a} & \multicolumn{2}{c}{b\tnote{1}} & \multicolumn{2}{c}{c\tnote{2}}\\* \midrule
& \multicolumn{2}{c}{(11)} & \multicolumn{2}{c}{(22)} & \multicolumn{2}{c}{(33)}\\
Messung & 5 & 1 & z & b & 5 & x \\
\end{longtable}
\end{ThreePartTable}
\end{document}
![Mit deiner Tabelle][2]
Die Nummerierung macht man dabei allerdings selbst.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20170204_125755.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20170204_125755.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20170204_130447.png
