Du kannst das Paket `import` verwenden. Angenommen du hast eine Datei `main.tex`
\documentclass{article}
\usepackage{import}
\begin{document}
\import*{F1/}{S2.tex}
\end{document}
dann kann man in `F1/S2.tex`
\subimport*{F2/}{S3.tex}
verwenden, um Datei `F1/F2/S3.tex` zu laden.
Da `\import` bzw. `\import*` den Suchpfad für Dateien erweitert, kann in `F1/S2.tex` auch ganz einfach per `\includegraphics{beispiel}` die Bild-Datei `F1/beispiel.png` geladen werden. Es ist hier also dann nicht notwendig `\includegraphics{F1/beispiel}` zu verwenden. Dies ist auch explizit in der Anleitung zum Paket angegeben.