Statt nur die vom Editor verstümmelten Meldungen anzuschauen, empfehle ich, die Warnungen einmal in ihrer ganzen Schönheit in der `log`-Datei zu lesen:
Class scrreprt Warning: You've used obsolete option `bibtotoc'.
(scrreprt) Usage of this option indicates an old document
(scrreprt) and changes compatibility level using
(scrreprt) `bibliography=totoc,version=first,
(scrreprt) enabledeprecatedfontcommands' that may result
(scrreprt) in further warnings.
(scrreprt) If you don't want this, you should simply
(scrreprt) replace option `bibtotoc' by `bibliography=totoc'.
Hier wird also ausführlich erklärt, dass Option `bibtotoc` veraltet ist und KOMA-Script daran ein Dokument erkennt, das für eine (sehr) alte Version von KOMA-Script erstellt wurde. Daher aktiviert es nicht nur `bibliography=totoc`, sondern auch `version=first` und `enabledeprecatedfontcommands`. Schlägt man in der [KOMA-Script-Anleitung](https://komascript.de/scrguide) oder im [KOMA-Script-Buch](https://komascript.de/komascriptbuch) nach, so erfährt man, dass mit `bibliography=totoc` in der Tat das Inhaltsverzeichnis einen Eintrag für das Literaturverzeichnis erhält. Gleichzeitig schaltet `version=first` auf Kompatibilität zu KOMA-Script 2.9u. Damit werden nicht nur einige Erweiterungen von KOMA-Script deaktiviert, es werden vor allem typografische Verbesserungen, die es in KOMA-Script seit 2006 gab deaktiviert. Was Option `enabledeprecatedfontcommands` bewirkt findet man weder in der Anleitung noch im Buch. Warum das so ist, erkläre ich gleich. Außerdem gibt es die Empfehlung stattdessen einfach nur `bibliography=totoc` zu verwenden.
Class scrreprt Warning: deprecated option `enabledeprecatedfontcommands'.
(scrreprt) Note, that this option was already depreacted when
(scrreprt) it has been defined. Support for old font commands
(scrreprt) has been removed from KOMA-Script more than one
(scrreprt) decade ago. It is not recommended to use them any
(scrreprt) longer. Therefore usage of this class option also
(scrreprt) is not recommended.
Das ist eine Warnung zur von `bibtotoc` automatisch ausgelösten Option `enabledeprecatedfontcommands`. Hier erfahren wir nun, dass es über diese Option zwar möglich ist, veraltete Font-Befehle zu definieren, dies aber eben als bereits im Ansatz veraltet gilt und daher nicht empfohlen wird. Für die Kompatibilität mit (sehr) alten Dokumenten wird das allerdings teilweise benötigt. Deshalb macht es KOMA-Script auch, wenn es wegen der Verwendung einer veralteten Option ein altes Dokument vermutet.
Class scrreprt Warning: You've used obsolete option `pointlessnumbers'.
(scrreprt) Usage of this option indicates an old document
(scrreprt) and changes compatibility level using
(scrreprt) `numbers=noenddot,version=first,
(scrreprt) enabledeprecatedfontcommands' that may result
(scrreprt) in further warnings.
(scrreprt) If you don't want this, you should simply
(scrreprt) replace option `pointlessnumbers' by `numbers=noenddot'.
Diese Warnung ist ganz ähnlich der ersten. Hier ist die veraltete Option `pointlessnumbers`, deren neuere Entsprechung `numbers=noenddot` ist. Das erscheint mir auch sprachlich mehr als sinnvoll.
Class scrreprt Warning: deprecated option `enabledeprecatedfontcommands'.
(scrreprt) Note, that this option was already depreacted when
(scrreprt) it has been defined. Support for old font commands
(scrreprt) has been removed from KOMA-Script more than one
(scrreprt) decade ago. It is not recommended to use them any
(scrreprt) longer. Therefore usage of this class option also
(scrreprt) is not recommended.
Die Warnung wird nun durch `pointlessnumbers` ausgelöst, da hier erneut die veraltete Option aktiviert wird. Ja, man kann Optionen mehrfach aktivieren.
Wie Du siehst, genügt es also nicht, nur eine Option auszutauschen. Man muss schon alle veralteten Optionen ersetzen:
\documentclass[bibliography=totoc,numbers=noenddot]{scrreprt}
\begin{document}
Test
\end{document}
Hier werden keine Warnungen wegen veralteter Optionen mehr erzeugt. Die Optionen `11pt`, `a4paper` und `titlepage` habe ich übrigens entfernt, da diese der Standardeinstellung entsprechen und daher überflüssig sind. Mit diesen Optionen erhält man ggf. zwei Info-Texte, die darauf hinweisen, dass man die Optionen bei KOMA-Script auch anders setzen kann. Falls man die Optionen nicht per `\documentclass`, sondern per `\KOMAoptions` oder `\KOMAoption` setzen will, muss man sie sogar durch die Schreibweisen aus den Info-Meldungen ersetzen.
Wie Du vermutlich sehen kannst, hat das Lesen der `log`-Datei außerdem den Vorteil, dass man Fehlermeldungen und Warnungen daraus in einer Form zitieren kann, in der diese auch auf kleinen Bildschirmen noch lesbar sind. Die Meldungen in Deinem Screenshot kann ich dagegen auf meinen kleinen Notebookmonitor nicht mehr lesen.
Eine Anmerkung sei mir hoffentlich noch gestattet: Da die genannten, veralteten Optionen in der Anleitung schon seit Jahren nicht mehr dokumentiert sind, scheint mir entweder die Quelle für Deine LaTeX-Informationen reichlich veraltet. Daraus wäre zu schließen, dass Du dieser Quelle grundsätzlich misstrauen solltest. Oder aber, Du arbeitest mit einer dieser Vorlagen, die in diesem Fall leider auch reichlich veraltet und mit gehörigem Misstrauen zu betrachten ist. In diesem Fall sei auch auf: »[Minimale Vorlage vs. maximale Probleme](https://komascript.de/latexvorlage)« hingewiesen.
Bezüglich der `hyperref`-Warnung will ich ohne [vollständiges Minimalbeispiel](http://texwelt.de/wissen/fragen/569/was-ist-ein-vollstandiges-minimalbeispiel-oder-kurz-vm-und-wie-erstelle-ich-dieses) und ohne genauen Wortlaut aus der `log`-Datei lieber nicht viel mehr spekulieren als dass diese vermutlich mit den gezeigten Klassenoptionen eher nichts zu tun haben.