Die Ausgabe:
> `The top-level auxiliary file: myBibliography.aux`
in der `.blg`-Datei lässt darauf schließen, dass du `bibtex myBibliographyx.aux` aufgerufen hast. Da du im Beispiel allerdings mit `\newcites{www}{Internetquellen}` eine Datei `www.aux` generierst. Musst du natürlich auch `bibtex www.aux` aufrufen. Allerdings wirst du mit Deinem Beispiel dann trotzdem die Fehlermeldung:
> `I found no \citation commands---while reading file www.aux`
erhalten. Ebenso bleiben die „Internetquellen” leer.
leer.
Da ich `apalike-de.bst` nicht habe und es auch nicht [auf CTAN finde](https://ctan.org/search/?phrase=apalike-de.bst&ext=false&_PKG=&_AUTHORS=&_TOPICS=&_FILES=&FILES=on&_PORTAL=&PORTAL=on&wildcard=on&max=16), werde ich im folgenden übrigens `apalike.bst` verwenden. Grundsätzlich kann aber natürlich jeder `natbib`-kompatible Stil verwendet werden.
Wie saputello in seinem Kommentar bereits erklärt hat, gibt es nur ein Verzeichnis, wenn auch etwas zitiert wird. Entferne ich fast alles überflüssige aus deinem Beispiel und vervollständige ich es gleichzeitig entsprechend der [Minimalbeispiel-Anleitung](http://texwelt.de/wissen/fragen/569/), die du unbedingt einmal gründlich durchlesen solltest, so erhalte ich mit:
% Dies ist Datei `test-multibib.tex'.
% Als erstes erzeugen wir die beiden bib-Dateien.
% Das geschieht hier zur Vereinfachung der Anwendung des Minimabeispiels.
% Im echten Leben verwendet man natürlich eigene Dateien.
\begin{filecontents*}{\jobname.bib}
@BOOK{Buch1,
title = {Titel des Buchs},
publisher = {namepublisher},
year = {2000},
author = {nameauthor},
owner = {bbrgg},
timestamp = {2017.12.04}
}
\end{filecontents*}
\begin{filecontents*}{test-www.bib}
@MISC{EPHA2010,
author = {{EPHA}},
title = {{European Public Health Alliance -- Briefing On eHealth}},
howpublished = {{URL: url{http://www.epha.org/}}},
year = {2010},
note = {abgerufen am 12.8.2010},
owner = {bbrgg},
timestamp = {2017.12.04}
}
\end{filecontents*}
% Dann folgt das eigentliche Beispiel.
% Diverse überflüssige Pakete habe ich entfernt.
\documentclass[12pt,headsepline,chapterprefix,appendixprefix,numbers=noenddot,oneside,parskip=half*,bibliography=totoc,
DIV=15,% Korrigiert (siehe Warnung ohne die Korrektur)
BCOR=10mm % Korrigiert (siehe Warnung ohne die Korrektur)
]{scrbook}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[square]{natbib}
\usepackage[german]{babel}
\usepackage{multibib}
\newcites{www}{Internetquellen}% Bestimmt auch den Namen der 2. aux-Datei: `www.aux'.
\begin{document}
\cite{Buch1}, \citewww{EPHA2010}% Ohne Verweis kein Verzeichnis.
\bibliographystyle{apalike}
\bibliography{\jobname}% \jobname ist im Beispiel test-multibib
\bibliographystylewww{apalike}
\bibliographywww{test-www}
\end{document}
und den Aufrufen:
1. `pdflatex test-multibib.tex`
2. `bibtex test-multibib.aux`
3. `bibtex www.aux`
4. `pdflatex test-multibib.tex`
5. `pdflatex test-multibib.tex`
als Ergebnis:
![beide Verzeichnisse][1]
Die beim ersten `pdflatex test-multibib.tex` erzeugte `test-multibib.aux` sieht übrigens so aus:
\relax
\providecommand*\new@tpo@label[2]{}
\catcode `"\active
\citation{Buch1}
\bibstyle{apalike}
\bibdata{test-multibib}
\select@language{german}
\@writefile{toc}{\select@language{german}}
\@writefile{lof}{\select@language{german}}
\@writefile{lot}{\select@language{german}}
`www.aux` dagegen so:
\citation{EPHA2010}
\bibstyle{apalike}
\bibdata{test-www}
Die `\citiation`-Anweisungen stammen dabei von den Befehlen `\cite` bzw. `\citewww` und verraten `bibtex` welche Literaturverweise vorhanden sind und ins entsprechende Verzeichnis aufgenommen werden sollen. Die `\bibstyle`-Befehle sagen `bibtex` welche `.bst`-Datei verwendet werden soll. Die `\bibdata`-Befehle schließlich informieren `bibtex` über die zu verwendende `.bib`-Datei.
Anzumerken bleibt noch:
* Bei den Optionen `DIV` und `BCOR` hat ein `=` vor dem Wert zu stehen. Siehe dazu die [KOMA-Script-Anleitung](https://komascript.de/scrguide). Dies wurde bereits von saputello in einem Kommentar vermerkt.
* Option `a4paper` ist bei KOMA-Script Voreinstellung und kann daher entfallen. Siehe ebenfalls die KOMA-Script-Anleitung.
* Pakete können zwar mehrfach geladen werden, dies ist jedoch eine häufige Ursache von Problemen im Falle von Änderungen. Es erschwert die Wartung und sollte daher unterbleiben. Für ein echtes Minimalbeispiel ist `setspace` insgesamt überflüssig.
* Die Option `pdftex` sollte man bei `hyperref` und `graphicx` eher weglassen. Beide Pakete können `pdftex` selbst erkennen, aber eben auch `luatex` oder `xetex` und verhalten sich dann automatisch richtig. Die Option stört daher eher.
* Paket `url` nach `hyperref` zusätzlich zu laden ist überflüssig, das `hyperref` das Paket bereits lädt und einige Anweisungen des Pakets ändert.
* Paket `breakcites` vor `natbib` zu laden ist nutzlos, da `natbib` dieselbe Anweisung, die `breakcites` umdefiniert, ebenfalls umdefiniert. Es nach `natbib` zu laden wäre sogar ein Fehler.
* Statt sich umständlich mit `multibib` herum zu schlagen, wäre die Verwendung von [`biblatex`](https://ctan.org/pkg/biblatex) und [`biber`](https://ctan.org/pkg/biber) zu empfehlen, wie das in „[Wichtige Hinweise: Erstellung von Literaturverzeichnissen](http://golatex.de/wichtige-hinweise-erstellung-von-literaturverzeichnissen-t11964.html)“ gezeigt wird. Damit spart man sich das fehleranfällige Arbeiten mit mehreren `.aux`-Dateien. Ebenso entfällt dann das Laden von `breakcites`, `natbib` und eben `multibib`. Mit `biblatex` stehen auch für alle Literaturverzeichnisse einheitliche Befehle bereit.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test-20171205_095911_1.png