Mir sind das eigentliche Ziel bzw. die Randbedingungen jetzt nicht klar. Davon hängt dann ab, wie viel Aufwand getrieben bzw. welche Kompromisse gemacht werden müssen.
Du kannst beispielsweise den minimalen und den maximalen x-Wert in Deiner Tabelle ermitteln und diesen dann für `xtickmin` und `xtickmax` verwenden:
\documentclass[border=3pt]{standalone}
\usepackage{pgfplotstable}% lädt auch pgfplots
\pgfplotsset{width=7cm,compat=1.13}
\pgfplotstableread{
1 2
2 3
3 2
4 5
12 1
}\datatable
\newcommand*\xmin{}
\newcommand*\xmax{}
\pgfplotstablegetelem{0}{[index]0}\of\datatable
\edef\xmin{\pgfplotsretval}
\edef\xmax{\pgfplotsretval}
\pgfplotstableforeachcolumnelement{[index]0}\of\datatable\as\xvalue{%
\pgfmathparse{\xvalue<\xmin?\xvalue:\xmin}\edef\xmin{\pgfmathresult}%
\pgfmathparse{\xvalue>\xmax?\xvalue:\xmax}\edef\xmax{\pgfmathresult}%
}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
ymin=0,
xtick distance=2,
xtickmin=\xmin,
xtickmax=\xmax
]
\addplot table [header=false, col sep=space,] {\datatable};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
[![alt text][1]][1]
----------
Wenn Du nur die ungeraden Zahlen auf der Achse ausblenden willst, nicht aber die zugehörigen Ticks, dann geht
\documentclass[border=3pt]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{width=7cm,compat=1.13}
\pgfplotstableread{
1 2
2 3
3 2
4 5
5 1
6 2
7 1
8 3
9 1
10 2
11 3
12 1
}\datatable
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[ymin=0,
xtick=data, %ytick=data, % nur xy-Werte aus Tabelle anzeigen
xticklabel={\pgfmathparse{mod(\tick,2)==0?"\noexpand\axisdefaultticklabel":""}\pgfmathresult},
]
\addplot table [header=false, col sep=space,] {\datatable};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
[![alt text][1]][2]
text][2]][3]
Fehlt jetzt aber zwischen drin ein x-Wert, dann fehlt auch der zugehörige Tick einschließlich des eventuellen Labels. In dem Beispiel passiert das an der y-Achse, wenn man `ytick=data` verwendet:
[![alt text][3]][3]
text][4]][5]
Während man an der x-Achse vielleicht noch sicher sein kann, dass jeder Zwischenwert in der Koordinatenliste vorkommt, sind fehlende Werte auf der y-Achse vermutlich nicht ganz unwahrscheinlich.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_nurgeradeticklabels.png
http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_xtickmin-xtickmax.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_nurgeradeticklabels.png
[3]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_nurgeradeticklabels.png
[4]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_fehlenderytick.png
[5]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_fehlenderytick.png
