Wenn sich die Seitengröße an den Inhalt anpassen soll, dann darfst Du die Abmessungen des Inhalts natürlich nicht mit `overlay` verstecken und auch `shift=(current page.center)` musst Du weglassen.
Das folgende Beispiel mit für die Sichtbarkeit größer gezeichnetem Node (`minimum size=1cm`) im Zentrum
\documentclass[tikz, border=3mm]{standalone}
\begin{document}
\def\Spalten{92} %92
\def\Zeilen{1013} % 1013
%
\def\PixelBreite{2.25mm}
\def\Scale{0.4}
\begin{tikzpicture}[scale=\Scale]
\node[circle, fill,minimum size=1cm] {}; % Zentrum
\draw[red, step=\PixelBreite] (-\Spalten/2,\Zeilen/2) grid (\Spalten/2,-\Zeilen/2);
\end{tikzpicture}
\end{document}
liefert
[![alt text][1]][1]
text][1]][2]
Du kannst aber auch bei Deinem schon vorhandenen pdf mit dem Perl Skript [`pdfcrop`][3] den weißen Rand abschneiden. Hier ist mal nur der obere Teil Deines verlinkten Bildes:
[![alt text][4]][4]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/se_standalone1.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/se_standalone1.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/se_standalone1.png
[3]: https://www.ctan.org/pkg/pdfcrop
[4]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/se_pdfcrop.png
