`\gobble` braucht man um die Spaltenspezifikationen `{ccc}` zu schlucken, die für `pmatrix` nicht von Bedeutung sind.
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{pgfplotstable}
\newcommand\gobble[1]{}
\begin{document}
\pgfplotstableread{
1 2 3
1 3 2
2 1 3
2 3 1
3 1 2
3 2 1
}{\Perm}
$
\pgfplotstabletypeset[
every head row/.style={output empty row},
begin table=\begin{pmatrix}\gobble,
end table=\end{pmatrix},
skip rows between index={1}{99}
index={2}{99}
]{\Perm}
$
\end{document}
[![alt text][1]][1]
[1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/test_404.pnghttps://texwelt.de/wissen/upfiles/test_405.png
