`\include` liest nicht nur eine Datei, sondern schreibt zusätzlich auch eine `aux`-Datei für jede der bei `\include` angegebenen Dateien. Wenn also `\include{foo/bar}` angegeben ist, wird nicht nur eine Datei `foo/bar.tex` gelesen, sondern auch eine Datei `foo/bar.aux` geschrieben. Ist nun ein Ausgabeverzeichnis `output` angegeben, so wird natürlich versucht `output/foo/bar.aux` zu schreiben. Da TeX selbst niemals Ordner erstellt, muss deshalb im Ordner `output` zuvor bereits der Unterordner `foo` erzeugt worden sein. Bei Verwendung von `lualatex` kann man das per Lua sicherstellen. Wird wie im Beispiel `pdflatex` verwendet, muss man das Verzeichnis selbst oder per [shell-escape](https://texwelt.de/wissen/fragen/15887/was-ist-write18-oder-shell-escape) erzeugen. Den Verzeichnisteil des bei `\include` angegebenen Dateinames für die Erzeugung (und das Einlesen) der `aux`-Datei abzuschneiden ist in LaTeX nicht vorgesehen. Für die Automatisierung im Editor bieten sich daher aus meiner Sicht neben der Voraberzeugung der benötigten Ordnerstruktur per Lua oder shell-escape vor allem zwei Möglichkeiten an: 1. Auf die Verwendung eines getrennten Ausgabeverzeichnisses verzichten. Ein solches Ausgabeverzeichnis bereitet häufiger Probleme als man denkt, so dass der Verzicht darauf oft die beste Wahl ist. Als Alternative bieten übrigens viele Editoren auch die Möglichkeit, Hilfsdateien zu löschen, um von Zeit zu Zeit (beispielsweise nach Fertigstellung eines Projekts oder vor dem Verpacken in eine ZIP-Datei) Ordnung im Dokumentverzeichnis zu schaffen. 2. `\include` durch `\input` ersetzen. Da `\input` keine zusätzliche `aux`-Datei benötigt, tritt dabei das Problem gar nicht erst auf. Dieser Weg ist immer dann möglich, wenn von `\includeonly` ohnehin kein Gebrauch gemacht wird. Da die meisten Anfänger den Unterschied zwischen `\input` und `\include` außerdem nicht kennen und bei `\include` immer wieder von Seiteneffekten (wie unerwünschten neuen Seiten oder verzögerter Wirkung von `\addcontentsline `\addcontentsline` in der Hauptdatei) überrascht werden, ist dies ohnehin oftmals eine gute Entscheidung.

`\include` liest nicht nur eine Datei, sondern schreibt zusätzlich auch eine `aux`-Datei für jede der bei `\include` angegebenen Dateien. Wenn also `\include{foo/bar}` angegeben ist, wird nicht nur eine Datei `foo/bar.tex` gelesen, sondern auch eine Datei `foo/bar.aux` geschrieben. Ist nun ein Ausgabeverzeichnis `output` angegeben, so wird natürlich versucht `output/foo/bar.aux` zu schreiben. Da TeX selbst niemals Ordner erstellt, muss deshalb im Ordner `output` zuvor bereits der Unterordner `foo` erzeugt worden sein. Bei Verwendung von `lualatex` kann man das per Lua sicherstellen. Wird wie im Beispiel `pdflatex` verwendet, muss man das Verzeichnis selbst oder per [shell-escape](https://texwelt.de/wissen/fragen/15887/was-ist-write18-oder-shell-escape) erzeugen. Den Verzeichnisteil des bei `\include` angegebenen Dateinames für die Erzeugung (und das Einlesen) der `aux`-Datei abzuschneiden ist in LaTeX nicht vorgesehen. Für die Automatisierung im Editor bieten sich daher aus meiner Sicht neben der Voraberzeugung der benötigten Ordnerstruktur per Lua oder shell-escape vor allem zwei Möglichkeiten an: 1. Auf die Verwendung eines getrennten Ausgabeverzeichnisses verzichten. Ein solches Ausgabeverzeichnis bereitet häufiger Probleme als man denkt, so dass der Verzicht darauf oft die beste Wahl ist. Als Alternative bieten übrigens viele Editoren auch die Möglichkeit, Hilfsdateien zu löschen, um von Zeit zu Zeit (beispielsweise nach Fertigstellung eines Projekts oder vor dem Verpacken in eine ZIP-Datei) Ordnung im Dokumentverzeichnis zu schaffen. 2. `\include` durch `\input` ersetzen. Da `\input` keine zusätzliche `aux`-Datei benötigt, tritt dabei das Problem gar nicht erst auf. Dieser Weg ist immer dann möglich, wenn von `\includeonly` ohnehin kein Gebrauch gemacht wird. Da die meisten Anfänger den Unterschied zwischen `\input` und `\include` außerdem nicht kennen und bei `\include` immer wieder von Seiteneffekten (wie unerwünschten neuen Seiten oder verzögerter Wirkung von `\addcontentsline in der Hauptdatei) überrascht werden, ist dies ohnehin oftmals eine gute Entscheidung.